Inspektionen krävde också vd Stig Vilhelmsons avgång, en åtgärd som bolaget verkställde redan under natten till fredagen.
FI:s granskning av Carnegie är ett dråpslag mot banken. På punkt efter punkt konstaterar FI att Carnegie brustit mot både interna regler och lagar.
- Det har varit allvarliga brister i styrningen och kontrollen, förklarade FI:s generaldirektör Ingrid Bonde på en presskonferens på fredagsmorgonen.
Bakgrunden är att resultatet av bankens tradingverksamhet - handeln i värdepapper för egen räkning - under åren 2005-2006 överskattades med 630 miljoner kronor. Enligt ledningen för Carnegie berodde det på att tre personer medvetet manipulerat värderingen av vissa värdepapper.
Carnegieledningen berättade själv om detta i maj, vilket ledde till att FI inledde sin granskning. Granskningen har visat på mycket allvarliga brister i Carnegies rutiner.
Banken har inte haft tillräckligt många anställda som kontrollerat och rätt beräknat riskerna i verksamheten. De begränsningar - limiter - som tradingverksamheten haft har gång på gång överskridits, utan att detta har lett till något. Så sent som i februari i år beslöt styrelsen ändå att fördubbla limiterna.
Handlarna har själva fått värdera papper, där det inte funnits något marknadspris. Värderingen skulle bekräftas av ekonomiavdelningen, som inte hade kompetens för det.
Det har inte varit möjligt att få en samlad bild av de risker banken tagit. FI har inte ens kunnat se hur Carnegie kommit fram till att det överskattade resultatet var just 630 miljoner kronor.
Sammantaget var bristerna så stora att det fanns grund för att dra in bankens tillstånd att bedriva värdepappershandel, vilket sannolikt hade betytt slutet för banken. Men Carnegie har medgett bristerna och allvaret i dem och dessutom satt in ett åtgärdsprogram som Bonde beskriver som "radikalt".
- Vi ska göra bedömningen om det finns hopp för företaget. Och med åtgärdsprogrammet så finns det hopp. Därför stannar vi vid en varning och den högsta bot vi kan dela ut, 50 miljoner kronor, sade hon.
Men FI kräver att en extra bolagsstämma ska sammankallas som ska utse en ny styrelse.
- Styrelsen är ytterst ansvarig, påpekade Bonde.
FI har anmält samtliga Carnegies tidigare revisorer, inklusive den revisor inspektionen själv förordnat, till revisorsnämnden.
Carnegiefallet har fått FI att dra i gång en särskild granskning av vad Bonde kallade för "mellanstora banker", för att se om det kan finnas liknande brister hos dem. På presskonferensen gav hon två exempel på sådana banker: isländska Kaupthing och svenska HQ Bank.
Frågan är varför FI inte självt kunde se bristerna i Carnegie, som trots allt är ett bolag som står under FI:s tillsyn. Enligt Ingrid Bonde arbetar inspektionen med att lägga det mesta av sina granskningsresurser där riskerna är som störst. Det är naturligvis i de stora bankerna, där de riktigt stora affärerna finns.
Ju längre ner på riskskalan ett företag ligger, desto mindre blir granskningen. Om däremot FI får en vink om att allt inte står rätt till kan den gå in i och göra en bredare utredning.
- Hade vi gjort en så bred utredning av Carnegie tidigare så hade vi upptäckt bristerna, men vi hade ingen anledning att göra det, säger Bonde.
Carnegie kan överklaga varningen och böterna, men däremot inte kravet på en extra bolagsstämma. Stig Vilhelmson avgick efter det att han och styrelsen fått besked om FI:s beslut.
"Jag tar konsekvenserna av FI:s beslut och lämnar min position omgående", sade han enligt ett pressmeddelande.