I en bedömning av 14 EU-länders stabilitets- och konvergensrapporter som kommissionen släppte på onsdagen får en majoritet av dessa länder kritik, bland annat för stora budgetunderskott.
Bland de 14 länderna finns Sverige och de stora EU-nationerna Tyskland, Spanien, Frankrike och Storbritannien.
Sverige får sig också en släng av sleven i kommissionens utvärdering, enligt vilken det bara är Bulgarien och Estland som klarar av gällande regler i EU:s stabilitetspakt.
Fortsatta stimulansåtgärder på motsvarande 1 procent av bruttonationalprodukten (BNP) drar i år upp det svenska budgetunderskottet till 3,4 procent av BNP, enligt kommissionens utvärdering.
Med hänvisning till att underskottet enligt gällande regler i EU:s stabilitetspakt inte får överstiga 3 procent vill kommissionen se garantier för att detta är ett tillfälligt avsteg från den svenska regeringens sida.
Sveriges regering bör även vara redo att vidta åtgärder om budgetutfallet skulle bli sämre än väntat framöver, skriver kommissionen.
För 2011 och 2012 räknar kommissionen med att det svenska budgetunderskottet sjunker till 2,1 respektive 1,1 procent av BNP, men det förutsätter att gällande positiva tillväxtprognoser håller.
En viktig utmaning för Sverige blir enligt kommissionen att undvika en permanent högre nivå för långtidsarbetslösheten och bortfall i utbudet på arbetskraft.
Kommissionen anser även att den svenska regeringen i nuläget har en svår balansakt, då man ska avveckla stimulansåtgärder.
Å ena sidan riskerar man att lägga krokben för tillväxten om det går för fort, medan man å andra sidan riskerar att med för långt utsträckta stimulanser bygga upp obalanser för hushållen.
Storbritanniens underskott är för tillfället lika stort som Greklands, samtidigt som premiärminister Gordon Brown i stor utsträckning skjutit åtstramningspaket på framtiden inför det val som väntas i början av maj.
"Frånvaron av detaljerade utgiftsgränser för departementen är en källa till osäkerhet," skriver EU-kommissionen om det ekonomiska läget i landet.
Samtidigt varnar kommissionen för att det övergripande ekonomiska läget i Storbritannien kan vara "avgjort mindre gynnsamt" än vad regeringen ser för sig fram till 2014—2015, då dagens budgetunderskott på 12,7 procent av BNP ska ha bringats inom EU:s gränser på maximalt 3 procent av BNP.
Av de totalt 14 länder som granskats är det bara Bulgarien och Estland som i dag ser ut att möta de målen under tidsperioden, enligt kommissionen.
Storbritannien hamnade redan i tisdags i bråk med Bryssel över läckta synpunkter ur rapporten.
Gordon Brown hävdade att hans land har "den mest ambitiösa planen av alla utvecklade länder för att minska underskottet" och utlovade en halvering av detsamma de kommande fyra åren.