Den kraftiga ökningen av ansökningar om rot-avdrag har ökat risken för förseningar. Företagen kan få vänta på sina pengar i mer än tio dagar.
Det är Skatteverket som nu varnar för att företagen kan få vänta på sina betalningar. Under perioden kring jul och nyår kom det som mest 6.000 ansökningar per dag.
De som inte fyllt i sina ansökningar rätt riskerar att få vänta lång tid på pengarna.
"Vi har fördubblat antalet handläggare som tar emot och registrerar ansökningarna, men innan vi har hunnit ifatt så kan vi inte garantera att alla företag får sina pengar inom tio dagar", skriver Pia Blank Thörnroos på Skatteverket i ett pressmeddelande.
Sedan den nya fakturamodellen för husavdrag infördes den 1 juli 2009 har Skatteverket tagit emot 250.000 ansökningar från fler än 50.000 företag.
Över 4,8 miljarder kronor i husavdrag har betalats ut.
Det snabbaste och säkraste sättet för företagen att få sina pengar är att ansöka via internet. Då kan pengarna betalas ut på mindre än en vecka.