Saab har nu genomfört en granskning av avtalet och de ekonomiska transaktionerna i bolaget Sanip.
"Dessa transaktioner har aldrig redovisats i bokföringen", skriver Saabs vd och koncernchef Håkan Buskhe.
Sanip bildades 1998 för marknadsföringsaktiviteter inför Gripenaffären.
"En person anställd av BAE Systems har utan Saabs vetskap skrivit på ett för oss okänt avtal, skrivit på för oss tills nu okända banktransaktioner och dessutom skrivit på av revisorer granskat och uppenbart felaktigt årsbokslut för 2003", skriver Buskhe.
Saabs utredning och det material som samlats in har överlämnats till advokat Tomas Nilsson, som ombetts yttra sig över om utredningsmaterialet enligt hans uppfattning stödjer Saabs slutsatser. Allt utredningsmaterial har överlämnats till överåklagare Gunnar Stetler vid Riksenheten mot korruption.
Saab kommer att helt och fullt stå till överåklagarens förfogande i detta ärende om sådant behov uppstår, skriver Saab i pressmeddelandet.
"Saab har en nolltoleranspolicy mot oegentligheter. Denna internutredning och transparensen i den visar att vi menar allvar", skriver Buskhe.
TV 4 Nyheterna/Kalla fakta uppgav i maj i år att Saabs dotterbolag Sanip ska ha betalat ut pengarna till en rådgivare till Sydafrikas försvarsminister.
Överåklagare Gunnar Stetler säger att det är ett relativt omfattande material som han just har mottagit och som han nu ska värdera.
– Jag räknar med att vara klar någon gång veckan efter midsommar, säger han.
Förutsatt att ingenting oförutsett inträffar till dess väntas han då besluta om en eventuell brottsutredning.
Journalisten Nils Resare har skrivit en rad artiklar och en bok om de misstänkta mutorna kring Gripenaffären med Sydafrika. Han tycker att det är en stor seger för rättvisan att Saab nu säger att det har förekommit mutor, något han hävdat länge och skrivit om sedan 2009.
– Vad man måste utreda nu är om det verkligen kan vara så att Saab var ovetande om det här hela tiden. Jag tror inte att det är möjligt. I så fall har de uppträtt otroligt amatörmässigt och naivt.
Saab har hela tiden hävdat att BAE skötte ruljangsen på Sanip, men Resare påpekar att bolaget var helägt av Saab och att det fanns Saab-anställda där.
– Rimligtvis borde Saab ha haft någon slags kontroll över vad som hände där.
Resare tycker också att medgivandet väcker frågor på politisk nivå eftersom Göran Perssons regering var djupt involverad i affären. Persson har hittills inte kommenterat uppgifterna om mutor.
– Regeringen skaffade sig ingen försäkran om att det här var en mutfri affär. Det borde ha varit en självklarhet, det gjorde man redan i Boforsaffären med Indien, säger Resare.
De nu misstänkta mutorna utgör en droppe i havet. En brittisk utredning visade transaktioner på minst 1 miljard kronor. Rimligen borde brittiska myndigheter nu utreda BAE:s roll på nytt.
Trots att det är Saabs helägda dotterbolag som äger Sanip säger Saabs vd Håkan Buskhe att Saab inte haft kännedom om utbetalningarna.
– Det finns ett mönster av olika typer av aktiviteter som inte har varit transparenta mot oss, säger han till TT.
Buskhe säger att utbetalningarna skett bakom ryggen på Saab.
– Det här är konton som är okända för oss.
Enligt honom visar Saabs utredning att en anställd hos BAE Systems ingått ett konsultavtal med den sydafrikanske försvarsministerns rådgivare. Därefter har pengar förts över från BAE Systems till Sanip och därefter direkt vidare till rådgivaren.
– Såväl konsultavtalet som pengarna finns inte antecknade i någon transaktionslogg och inte heller i det av revisorer reviderade årsbokslutet, säger Håkan Buskhe.
Sammanlagt är det 24 miljoner rand (ungefär lika mycket i svenska pengar) som betalats ut under 2003 och 2004. Konsultavtalet hade som mest kunnat ge upp till 80 miljoner kronor.
– Vi kan inte hitta att det betalat ut mer än vad vi har redovisat, säger Håkan Buskhe.
Vad är det för pengar, är det mutor?
– Jag har ingen uppfattning om vad det är för pengar eller hur de har använts. Jag kan bara konstatera att den BAE-anställde använt bolaget på ett felaktigt sätt.
På frågan om Saab kommer att vidta några åtgärder mot den BAE-anställde svarar Buskhe att Saabs utredning överlämnats till överåklagaren.
– Han får ju bedöma vad det finns för möjligheter att lagföra den här personen.
Håkan Buskhe säger att även om pengar betalats ut behöver det inte röra sig om mutor.
– Jag kan bara konstatera att det är utbetalt till den här parten som jag vet är starkt ifrågasatt.
För en vecka sedan blev det känt att BAE Systems sålt 11,2 miljoner aktier i Saab, hela sitt innehav och motsvarande drygt 10 procent av aktierna. BAE var tidigare den näst största ägaren efter Investor.