Berlusconi nådde inte upp till 40 procent för sitt parti Frihetens folk i EU-valet. Hans parti fick 35 procent, följt av Demokratiska Partiet med 26,8 procent, enligt statliga tv-kanalen RAI.
Den skandaltyngde italienske premiärministern är den ende regeringschef som toppar en vallista, och han har vägrat ge med sig det minsta när han pressats på detaljer om sin relation till 18-åriga Noemi Letitzia.
- Valresultatet kommer att bli ett fruktansvärt nederlag för denna vänster som ersatt sitt obefintliga valprogram med förtal, sade han i valrörelsen.
Hans allierade Lega Nord ökade från 8,3 procent i förra årets parlamentsval till 9,3 i EU-valet.
Det lilla oppositionspartiet Värdenas Italien under Antonio di Pietro som anklagat Berlusconiregeringen för att vara "antidemokratisk, fascistisk, rasistisk och främlingsfientlig", nästan fördubblade sin väljarandel till 7,8 procent.