Efter en fem timmar lång debatt gick de 79 närvarande ledamöterna till omröstning om fördraget som redan godkänts i parlamentets lägre kammare. Och Tjeckiens avgående regering fick klart mer än de minst 48 jaröster som behövdes: 54 stödde förslaget, 20 röstade mot och 5 avstod.
Därmed lever fortfarande Lissabonfördraget, den nya regelbok för EU som är tänkt att smörja beslutsprocesserna i unionen.
Men i debatten som föregick omröstningen var en allmän skepsis tongivande. Inte ens den avgående premiärministern Mirek Topolanek, som ville se ett ja, visade någon större hänförelse i sitt anförande i den välvda salen i Wallensteinpalatset från 1500-talet.
Topolaneks främsta argument tycktes vara att ett ja till Lissabonfördraget är den minst dåliga lösningen.
– Om Lissabonfördraget försvagar våra nationella intressen, så kommer ett nej att urlaka dem helt. Därför är jag för detta fördrag, förklarade Topolanek.
Han konstaterade att Tjeckiens internationella anseende redan har skadats genom den misstroendeomröstning som fällde hans regering mitt under landets halvår som ordförande i EU.
– Ett nej till Lissabonfördraget skulle bara förvärra det ytterligare, sade Topolanek.
Avgående utrikesministern Karol Schwarzenberg varnade för tjeckisk isolering vid ett nej.
– Därför ber jag er av hela mitt hjärta att rösta ja, sade han.
Motståndarna försökte skrämmas med att Lissabonfördraget är ett elitprojekt som kommer att ge EU alldeles för mycket makt.
– EU bestämmer hela ditt liv, enligt fördraget, alltifrån turism till din vardag. Vi trodde att EU var ett projekt för frihet, men detta innebär bara restriktioner, sade den kritiske ledamoten Jiri Pospisil, medlem av samma parti, de civila demokraterna (ODS), som Topolanek.
Efter omröstningen var Tjeckiens EU-minister Alexandr Vondra glad och lättad över att hans avgående regering klarat sig undan ytterligare en nesa.
– Jag känner stor personlig tillfredsställelse med resultatet och vill tacka senaten för att den inte förrådde oss och tog sitt ansvar.
Tjeckiens ja var också en lättnad för Brysseletablissemanget som har tragglat med att förnya det institutionella ramverket för EU i många år.
Det förslag till en ny konstitution som till att börja med lades fram ratades av fransmännen och holländarna i folkomröstningar 2005. Två år senare, efter långa sega förhandlingar i Lissabon, enades stats- och regeringscheferna om ett nytt förslag, bantat från den ursprungliga textens mest federalistiska tongångar.
Nu återstår en nervös väntan på att Tjeckiens EU-kritiske president Vaclav Klaus, stark motståndare till fördraget, skriver under på vad de folkvalda har röstat. Hittills har han svarat svävande på när ett undertecknande kan ske och sagt att han kanske väntar fram tills Irland, som håller sin andra folkomröstning om fördraget senare i år, har sagt sitt.
EU-kommissionens ordförande José Manuel Barroso hoppas att Tjeckiens ja ökar trycket på irländarna.
– Efter dagens nyheter har vi väldigt goda utsikter för den irländska omröstningen, sade han.
Förutom Irland återstår dessutom att den polske presidenten skriver under fördraget och att tyska högsta domstolen förklarar det i enlighet med landets grundlag.