Han kom närmast från chefskapet för Riksteatern. De kritiska synpunkterna kom främst från facket, som invände mot hans bristande medievana och hans framträdande position inom folkpartiet. Örn svarade snabbt genom att lämna partiet när han tillträdde.

Som skandalfri nykterist sågs den nye radiochefen som ett tryggt val efter den misslyckade tillsättningen av Joachim Berner. Han tvingades ju avgå innan han hunnit börja.

Kritiken mot Peter Örn började växa på grund av hans benhårda försvar till dab-radion. Sveriges Radio hade redan spenderat hundratals miljoner på den digitala tekniken när Peter Örn tillträdde och för de flesta stod det klart att lyssnarna inte tänkte köpa apparaterna som krävdes. Peter Örns benhårda dab-försvar fick honom att framstå som byråkratisk och stelbent bland de anställda. 2005 satte kulturminister Leif Pagrotsky stopp för den misslyckade satsningen.

Med det var förändringsprojektet "Sveriges Radio 2010" som blev Peter Örns fall. Kolossen SR skulle få ny organisation, personalen minskas med 400 tjänster, nya kanaler skapades och programmen skulle göras av utomstående produktionsbolag.

Under 2006 började de anställda på allvar se konsekvenserna av Örns nyordning. Den nya organisationen genomfördes och det blev mot slutet av året känt att en rad etablerade program, främst i P1, skulle försvinna. De anställda gick ut i debattartiklar, radiokrönikörer och medieexperter spädde på kritiken. Peter Örn tvingades till offentligt försvar för sina beslut.

Under vårens upprörda stormöten på SR har kritiken mot Örn nått orkannivå, bland annat lämnade företagets Sif-klubb in en misstroendeförklaring.

I sitt avskedsbrev försvarar Peter Örn de förändringar som ledde till hans avgång.