Ministerrådets ståndpunkt förkastades och parlamentet röstade för den omstridda paragraf som kallas 138.
Paragrafen handlar om vilka lagliga villkor som måste vara uppfyllda om någon ska få sin tillgång till internet inskränkt, exempelvis som straff för illegal fildelning.
Den lydelse som parlamentet nu röstade för säger att detta under inga omständigheter får ske utan föregående prövning i domstol.
I den kompromiss som förhandlats fram tillsammans med ministerrådet sades bara att den som drabbas av inskränkningar som internetanvändare ska ha rätt till rättslig prövning. När detta skulle ske angavs inte. Detta röstade parlamentet alltså emot.
Därmed tvingas ministerrådet till nya förhandlingar. Det krävs ett ja från både rådet (medlemsländernas regeringar) och parlamentet för att paketet ska bli lag.
Vad som väntar nu är så kallad förlikning. Det innebär att en särskild förhandlingskommitté sätts samman med representanter från parlamentet och ministerrådet. EU-kommisionen agerar ordförande. Men nu stundar val till EU-parlamentet och en hel del ledamöter ska bytas ut och nya komma på plats.
Däremot röstade parlamentet ja till en annan del av telekompaketet, det så kallade Harbour-betänkandet. Även där fanns ett omstritt motförslag, känt som tillägg 166, som handlade om internetanvändarnas rättigheter. Dess syfte var att garantera fri tillgång till innehåll och tjänster på nätet och slog fast att detta är en medborgerlig rättighet.
Här accepterade parlamentet dock kompromissen från förhandlingarna med ministerrådet. Harbourbetänkandet antogs därmed i sin helhet.
Eftersom de olika delarna i direktivet hänger så intimt samman, är det dock troligt att även Harbourbetänkandet blir föremål för förlikning.
Att 138:an röstades igenom och den delen av telekompaketet som kallas Trautmanbetänkandet fick nej berodde till stor del på att den liberala gruppen i parlamentet i sista stund valde att rösta så. Tillsammans med rösterna från bland annat vänstern och de gröna räckte det till en majoritet.
Telekompaketets huvuddelar handlar om marknadsregler för konkurrens, konsumentskydd och tillsyn. Syftet är att främja tillväxten inom telefoni och IT. Mycket av detta klubbade parlamentet på onsdagen.
Under den politiska processens gång har diskussionen dock i stor utsträckning kommit att handla om upphovsrätt, illegal fildelning och friheten på internet. Det hänger bland annat samman med att Frankrike parallellt har förberett egna hårda lagar om att de som piratkopierar ska kunna stängas av från internet.
De som varit kritiska till telekompaketet hävdar att det kan rättfärdiga en politik som den i Frankrike. Det är här 138:an kommer in, som ett sätt att stävja en sådan utveckling.
Motargumentet, som bland annat den svenska regeringen använt, är att lagar mot brott är medlemsländernas ensak och att telekompaketet ska förhålla sig neutralt i sådana frågor.
Svenska EU-parlamentariker kommenterar beslutet.
Spelet bakom telekompaketets haveri.