Han har på senaste tiden varit engagerad i konstnärlig forskning både vid Musikhögskolan, nationellt och internationellt. Och arbetat med nystarten för Musikhögskolans byggnadsprojekt med nya lokaler.
Johannes Johansson var även tonsättare och fick internationellt erkännande för sina verk, som ofta kombinerar röster, instrument och högtalare. Han var också utbildad kyrkomusiker och körpedagog.
Mellan 1999 och 2005 var han prefekt vid Musikhögskolan i Malmö. Under sex år, fram till 2011, var han president för de europeiska musikhögskolornas samarbetsorganisation, AEC. Han var även ledamot av Kungliga Musikaliska Akademien och hedersmedlem vid Royal College of Music och Guildhall School of Music and Drama i London.
Tills vidare tar professorn och prorektorn, Cecilia Rydinger Alin, över posten som rektor och myndighetschef.