Brotten ska, enligt åklagaren, ha begåtts under perioden januari 2005 till 16 februari 2006 i Stockholm och Uppsala.
Mannen är gästforskare på Genetikcentrum vid Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) i Uppsala. Det är oklart om det är där han misstänks ha spionerat.
- Mannen är på sannolika skäl misstänkt för spioneri. Var det har ägt rum kan jag inte säga. Min uppfattning är att han har lämnat ut uppgifter till annat land som kan vara till men för totalförsvaret och rikets säkerhet, säger Tomas Lindstrand.
Den ryske forskaren fördes in i rättssalen iförd handbojor. Över huvudet hade han en orange filt för att dölja sitt ansikte för de pressfotografer som väntade utanför sal 12 i Stockholms tingsrätt.
På SLU där mannen arbetade när han greps är man chockade över misstankarna.
- Han har är forskarassistent på institutionen och har ägnat sig åt växtforskning här och tittat närmare på virus som infekterar växter, säger prefekten Christer Jansson.
Christer Jansson har under en längre tid känt till att 29-åringen bevakats av säkerhetspolisen.
- Säpo kontaktade mig för flera månader sedan. De vill ha information om mannen och hans arbetsplats, säger han.
Han säger sig vara förvånad över att 29-åringen häktats.
- Jag tror inte att det har med hans arbete här på institutionen att göra.
Professor Jari Valkonen har arbetat nära 29-åringen i forskningsprojekt.
- Det är en mycket vänlig och samarbetsvillig person. Jätteangenäm som kollega. Jag hade ingen aning om att han är misstänkt för spioneri, säger han.
Polisen har genomfört flera husrannsakningar på åklagarens begäran. Tomas Lindstrand vill inte säga vad dessa gett eller om det kan bli aktuellt med fler gripanden.
Tingsrätten begärde att en så kallad personutredning av den misstänkte skulle genomföras. I en sådan kartläggs den misstänktes bakgrund, nuvarande situation och hur han ser på sin framtid. Domstolen begär en sådan utredning för att kunna välja lämplig påföljd, i det fall den åtalade fälls för den brottslighet han är misstänkt för.
Häktningsförhandlingen mot 29-åringen varade i nästan två timmar och mannen bestred häktningsskälen. Gärningsbeskrivningen är hemligstämplad och alla parter har belagts med yppandeförbud.
- Min klient nekar till brott, säger mannens advokat Ola Salomonsson.
29-åringen kommer ursprungligen från Moskva där hans fru och barn fortfarande bor.
- Han har hyrt min lägenhet i väntan på någonting eget. Hans familj har varit här i Sverige och hälsat på några gånger. Tanken var att även de skulle flytta hit, säger en 44-årig man som varit 29-åringens hyresvärd det senaste halvåret.
Åsa Arvidson på UD:s presstjänst vill inte svara på om någon diplomatisk protest överlämnats till en utländsk beskickning i Sverige med anledning av det misstänkta spionaget.