Naturskyddsföreningen, Svenska Rovdjursföreningen, Världsnaturfonden och Djurskyddet Sverige klagade över jakten hos kommissionen. I ett brev till regeringen påminner nu kommissionen om EU-direktiv som gäller i Sverige om att bevara livsmiljöer för vilda djur och växter.

Under jakten dödades 28 vargar av en stam på ungefär 182–217 djur. Kommissionen skriver att det "förefaller sannolikt" att jakten ökat inavelsrisken.

Kommissionen frågar om Sverige anser att bevarandestatusen var gynnsam före jakten, och om hur jakten har påverkat statusen. Den efterfrågar också vetenskaplig grund för den svenska hållningen. I väntan på svaren anser kommissionen att statusen ”inte var gynnsam när licensjakten skedde och att jakten gjort bevarandestatusen mindre gynnsam”.

Efter att ha ifrågasatt den vetenskapliga grunden för jakten vill kommissionen också veta varför Sverige satt 210 vargar som gräns för stammen. Också här efterfrågas vetenskaplig grund för beslutet.

Vidare vill kommissionen, med utgångspunkt från att så stor del av stammen dödades, bland annat veta om det verkligen var en jakt i ”begränsad mängd” och ”begränsad omfattning”. Sverige ska även redogöra för hur många vargar som årligen dödats i skyddsjakt, olyckor och illegal jakt.

Kommissionen anser också att jaktens själva syfte var oklar, man vill veta syftet och om det i så fall uppnåtts.

Enligt riksdagsbeslut bör inflyttning av varg österifrån ske, med start redan 2010. Kommissionen frågar nu om förflyttningar redan börjat, och om lämplig personal, fordon och annan utrustning finns för att klara detta.