Tjänsten utlyses omgående, enligt ett pressmeddelande från departementet.
Orsaken till avgången är en konflikt mellan Anders Flodström och utbildnings- och forskningsminister Tobias Krantz om ett nytt kvalitetsutvärderingssystem inom högskolan. Konflikten har enligt Flodström lett till en förtroendekris som inte går att överbrygga.
"Det är skillnaden i synen på hur man bäst mäter kvalitet i högre utbildning, i kombination med en nära styrning av utvecklingsarbetet som inte är förenlig med relationen politisk styrning och expertmyndighet, som gör att jag väljer att avgå", skriver Anders Flodström i ett pressmeddelande.
Anders Flodström tillträdde som universitetskansler och chef för Högskoleverket den 1 augusti 2007. Han återvänder nu till sin tjänst som professor vid Kungliga tekniska högskolan.
Högskoleverket lade i september i fjol fram sitt förslag till ett system för kvalitetsutvärdering till regeringen.
- Förslaget var förankrat både mot högskolesektorn och mot studenterna. Men så snart vi överlämnat förslaget började regeringens kritik mot det, säger Anders Flodström.
Det startade enligt Flodström en rad diskussioner mellan honom och utbildningsdepartementet som slutade med att departementet lade Högskoleverkets förslag till kvalitetssystem åt sidan och i stället själv tog fram kvalitetspropositionen Fokus på kvalitet.
Enligt Flodström innehåller regeringsförslaget inte någon granskning av utbildningarnas kvalitet.
- Jag utsatte den för en ganska öppenhjärtig kritik när den presenterades. Man tänker inte på ett tydligt sätt granska utbildningarnas innehåll, hur de läggs upp, hur man examinerar dem och hur utbildningarna förhåller sig till arbetsmarknaden, säger han.
Anders Flodström säger att han själv valt att avgå.
- När regeringens proposition klubbades den 28 maj såg jag situationen som ohållbar. Jag tror inte på förslagen och då är det svårt att sitta kvar, säger han.
Flodström har tackat ja till ett utredningsuppdrag i utbildningsdepartementet. Han ska på halvtid utreda fördelning av forskningsmedel till universitet och högskolor.
Enligt högskole- och forskningsminister Tobias Krantz har det funnits interna problem inom Högskoleverket.
- Jag kan bara bekräfta att vi haft en del kritiska synpunkter på Anders Flodströms ledarstil och sätt att leda verket. Det har inte minst fokuserats kring konflikten om det som är skälet till hans avgång, oenigheten om ett nytt kvalitetssäkringssystem, säger Jean-Pierre Zune, ordförande för ST-sektionen på verket.
Det har enligt Zune funnits en ganska utbredd kritik bland de anställda mot verksledningen. Både ST-sektionen och Saco-föreningen har framfört synpunkter på dess bristande närvaro, nyckfullhet, tendens att i mycket köra sitt eget race och inte lyssna på, utan ibland köra över medarbetare.
- Det har väl haft sin betydelse i konflikten mellan Anders Flodström och departementet. Den linje han drivit mot departementsledningen har inte varit så där jätteförankrad bland medarbetarna utan mycket varit en egen linje, säger Jean-Pierre Zune.
Sveriges universitetslärarförbund (Sulf) beklagar Anders Flodströms avgång. Förbundet har under våren skarpt kritiserat arbetet med det nya systemet för kvalitetsutvärdering.
- Tyvärr finns klyftan mellan sektorn och departementet kvar och vi är oroliga för vad som kommer att ske när det nya kvalitetssystemet ska införas. På sikt skadar det här Sveriges högre utbildning, säger Sulf-ordförande Anna Götlind.
Flodström har också stöd bland studenterna. Klas-Herman Lundgren på Sveriges förenade studentkårer (SFS) anser att Flodströms avgång är mycket bekymmersam.
- Vi tycker att han har gjort ett bra arbete och under senaste året drivit många bra frågor när det gäller antagningsreglerna till högskolor, breddad rekrytering och utbildningskvaliteten i stort, säger han.
SFS anser att avgången är olycklig med tanke på de stora förändringar som sker i högskolevärlden.
- Det ska bli ökad frihet för lärosäten, studieavgifter ska införas, kårobligatoriet avskaffas och ett nytt kvalitetssystem införas, samtidigt som chefen för Högskoleverket avgår. Det ökar bara osäkerheten i det högre utbildningssystemet, säger Klas-Herman Lundgren.
Marie Granlund, Socialdemokraternas utbildningspolitiska talesperson, anser att Flodströms avgång är en direkt följd av att regeringen kört över honom och den samlade högskolevärlden när det gäller synen på kvalitet vid universitet och högskolor.
- Tyvärr finns det stora brister i Tobias Krantz och regeringens förslag. Vi kommer att få ett kvalitetssystem som bara premierar jakten på de bästa studenterna och inte tror på att utbildningens kvalitet gör skillnad, säger hon.
En av cheferna på Högskoleverket har tidigare avgått i protest mot Anders Flodström.