Justitiekanslern pekar ut Säpo som ska betala 250.000 kronor av det totala beloppet.
Mohammad Alzery får totalt 3.160.000 kronor. Men enligt JK:s beslut ska inte regeringskansliet står för hela summan utan säkerhetspolisen tvingas stå för en del av summan.
JK skriver att ansvaret för för händelserna som ledde till avvisningarna "faller delvis på Säkerhetspolisen".
Jakob Larsson, pressansvarig på Säpo, säger till DN.se att man konstaterar att JK fattat beslutet.
- Det får vi rätt oss efter. Detta är en gammal historia som jag inte kan rekapitulera nu, säger Larsson, som pekar på att Säpo tidigare redogjort för händelserna för JO.
Dennis Töllborg, professor i rättsvetenskap, välkomnar beslutet men säger att Säpo borde stå för en större del av skadeståndet.
- Dessutom är det så att Anna Lindh speladen en avgörande roll för händelseutvecklingen, säger han.
Töllborg menar att skadeståndet är förhållandevis högt för svenska förhållanden men i ett internationellt perspektiv rör det sig om en liten summa.
Kommer egyptierna att få uppehållstillstån`d?
- Egentligen borde jag förutsätta att det blir så men man ska aldrig veta. Jag ser det som en självklarhet för att juridik ska ta hänsyn till helheten, säger Töllborg och påminner om att männen blev avvisade från Sverige på felaktiga grunder.
- Först och främst borde de ha tillbaka uppehållstillstånden för att kunna börja ett nytt liv i Sverige. Det borde vara det enda anständiga, säger Töllborg.
Vad innebär beslutet för andra länder?- Sverige var ett av de första länderna som genomförde en sådan avvisning, trots sitt grundmurade goda rykte. Sedan följde länder som Polen efter. Kanske är detta en vändpunkt och det vore positivt, säger Dennis Töllborg.