Egyptens förre president Hosni Mubarak ville tacka Sverige för samarbetet med den uppmärksammade avvisningen av två egyptier 2001.
Det uppger SVT:s Uppdrag granskning efter att ha tagit del av hemligstämplade dokument.
I december 2001 avvisades Ahmed Agiza och Mohammed Alzery från Sverige. Svensk polis lämnade över dem till CIA-agenter och de flögs till Egypten där de fängslades och utsattes för tortyr.
Uppdrag granskning har nu tagit del av en rapport från en svensk ambassadtjänsteman i Kairo som skriver om ett möte med en general vid den egyptiska underrättelsetjänsten.
I rapporten står bland att generalen ville "förmedla den egyptiska regeringens stora tacksamhet gentemot den svenska för dess rakryggade agerande".
Vidare berättas att president Mubarak varit mycket belåten och "givit instruktion om att ett tackbrev skulle sändas till den ansvarige svenske ministern".
I en intervju med Uppdrag granskning berättar Mohammed Alzery, som släpptes 2003, om tortyren de utsattes för i fängelset. Till exempel blev de misshandlade med påkar och torterade med el.
Ahmed Agiza, som nyligen släpptes, berättar om hur männen fick tvätta sig och klä upp sig när de träffade den svenske ambassadören i fängelset.