Trenden har hittills varit att de genomsnittliga betygen ökar.
Enligt Skolverket kan årets trendbrott bero på att lärare har blivit mer restriktiva i sin betygssättning i samband med att de nationella proven har börjat kontrollrättas.
Samtidigt är andelen nior som är behöriga till gymnasieskolan den lägsta på tolv år, visar Skolverkets statistik. 88,2 procent av niorna uppnådde behörighet i våras.
Föräldrarnas utbildningsnivå har störst betydelse för barnens betyg. Elever vars föräldrar bara har grundskoleexamen har lägst betyg. De senaste åren har betygen också sjunkit för denna grupp.
Nytt för i år är emellertid att även barn till högutbildade föräldrar får sämre betyg än tidigare, enligt Skolverket.
Niornas resultat är en bekräftelse på det som har synts i flera internationella undersökningar, enligt Karin Hector-Stahre, enhetschef för prov och bedömning på Skolverket.
– Vi ser att kunskaperna går ner om man tittar över tid, säger hon.
Diskussionen om betygsinflation har fått lärare att bli mer uppmärksamma på hur de sätter betyg, tror hon. Men förklaringen är inte bara att glädjebetyg nu har korrigerats ner:
– Det här är erfarna lärare som har goda kunskaper. Det är rimligt att tro att betygen motsvarar något reellt i elevernas kunskaper, säger hon.
De nationella proven kontrollrättas för att se till att betygsättningen sker likvärdigt i alla skolor. Den hårdare granskningen har fått kommuner att lyfta frågan, säger Karin Hector-Stahre på Skolverket.
– De kanske känner att de har ögonen på sig. De granskar betygen på olika skolor och diskuterar vad de grundar sig i.
Könsskillnaderna kvarstår i skolan, visar Skolverkets statistik. Flickor har i genomsnitt högre betyg och är oftare behöriga till gymnasiet.
Meritvärdet för flickor var i snitt 220,1 poäng i våras, mot 197,9 för pojkarna. 89,2 procent av de kvinnliga eleverna var behöriga till gymnasieskolan jämfört med 87,2 procent av de manliga.
Skillnaderna har varit i stort sett konstanta de senaste åren, visar statistiken.
Försämringen i niornas betyg beror ytterst på nedskärningarna som gjordes i skolan på 1990-talet, anser Lärarförbundet.
– Det här är en elevkull som började i en redan hårt slimmad grundskola. De fick inte den specialundervisning de behövde i tid och vistades i stora grupper. Här ser vi resultatet av att spara på skolan, säger Eva-Lis Sirén, ordförande för Lärarförbundet.
Hon pekar på att ett stort antal lärare försvann vid nedskärningarna och att andelen obehöriga som undervisar har ökat.
– De här resultaten visar kortsiktigheten i att inte låta skolan kosta, säger hon.
Sirén anser att Skolinspektionens granskningar av enskilda skolor är ett viktigt instrument för att tvinga skolorna att sätta in mer resurser.
– Det kan till exempel handla om lärartäthet. Rätt resurser ska ges till elever i rätt tid.
Förklaringen till niornas lägre betyg är åtminstone delvis den hårdare granskningen av lärarnas betygsättning, tror Metta Fjelkner, ordförande för Lärarnas Riksförbund.
– Regeringen har skärpt kontrollen med hjälp av Skolverket och det kommer att skärpas ytterligare. Det finns nationella prov där man kontrollerar elevernas resultat och det ställs krav på att lärare ska ha kunskap om hur man sätter betyg. Det här kan innebära att betygsinflationen är hejdad, säger hon.
Att kontrollen av betygen skärps kommer att göra dem mer rättvisa och likvärdiga i hela landet, hoppas Metta Fjelkner.
– Men det kan också innebära att betygsnivåerna inte blir lika höga som tidigare — om inte lärare ges möjlighet att bibringa elever de kunskaper som de har rätt till, säger hon.
Samtidigt är de lägre betygen också ett tecken på försämringen av elevernas kunskaper, anser hon.
– Vi har sett över tid att svenska elever presterar sämre än sina kamrater i andra länder. De presterar också sämre än vad elever gjorde för tjugo år sedan. Vi ska ha ambitionen om höga betyg, men de ska också vara förenade med höga kunskaper, säger Metta Fjelkner.