Bara i sju av landets kommuner hade pojkarna bättre betyg i nian än flickorna under 2011, visar en granskning som SVT gjort.
Skolverket är fullt medvetet om situationen och driver olika projekt för att försöka minska problemet.
Ser man till snittbetygen under åren 2009—2011 var skillnaden mellan pojkar och flickor 15 procent eller mer i 30 kommuner. I tio kommuner var skillnaden i meritvärde över 40 poäng.
– Tjejer är mer plikttrogna. Killar är mer rädda för att misslyckas och då är det bättre att inte ens ha försökt, än att ha försökt men misslyckats, säger Susanna Damm, lärare på Kastanjeskolan i Tomelilla, till SVT.
Skolverket är medvetet om betygsskillnaderna mellan pojkar och flickor.
– Vi gör olika insatser för att utveckla kompetensen i skolan, främja jämställdheten och försöka komma tillrätta med problemet att pojkar och flickor lyckas olika bra, säger undervisningsrådet Annika Hjelm.
Att pojkar får sämre betyg stämmer enligt Hjelm med traditionella könsrollsmönster.
– Det finns en idé om manlighet där det ingår att inte vara duktig i skolan. Det är viktigt att lärare är medvetna om problematiken och lär sig känna igen könsmönster i hur de själva agerar och utformar sin undervisning, säger hon.
Skolverket erbjuder lärare hjälp med att tillsammans med kvalificerad handledning gå igenom sin undervisning.
– Vi har sett ett stort intresse för detta, många vill vara med, säger Annika Hjelm.