Samtidigt förklarade en talesman för inrikesministeriet i huvudstaden Islamabad att "underrättelseuppgifter visar att terrornätverket al-Qaida ligger bakom" mordet på Bhutto.
I oroligheter under fredagen och i samband med begravningen och den muslimska fredagsbönen hade vid 19-tiden minst 31 människor, därav fyra poliser, dödats i flera av Pakistans stora städer.
Enligt rapporter från brittiska BBC:s medarbetare var skolor, affärer, transporter och offentliga byggnader i Karachi, Peshawar, Rawalpindi och Hyderabad stängda under fredagen. Många förväntade sig omfattande upplopp och protester i vad som beskrivits som "Pakistans svåraste kris under landets 60-åriga historia".
Benazir Bhuttos enkla träkista fördes under dagen med flyg från Rawalpindi nära huvudstaden Islamabad ner till kustprovinsen Sindh. Den sista vägen till familjen Bhuttos gigantiska mausoleum, nära byn Garhi Khuda Bakhsh i den norra delen av Sindhprovinsen, kördes kistan i en vanlig ambulans.
Vid begravningen hade kistan draperats i det pakistanska folkpartiet PPP:s flagga i grönt, rött och svart. Benazir Bhuttos make Asif Ali Zardari följde kistan den sista delen av färden till begravningsplatsen där parets son och två döttrar väntade.
Bland den jättelika folkmassan hördes rop som "ned med mördaren Musharraf, ned med mördaren USA" där den sittande presidenten Perwez Musharraf och hans nära allierade USA anses ligga bakom mordet.
Under torsdagen omedelbart efter sprängdådet riktades misstankarna mot "muslimska jihadister" som sades vilja förhindra att Pakistan återigen fick en kvinnlig premiärminister.
Men enligt vad inrikesministeriets talesman Javed Iqbal Cheema förklarade vid en kaotisk presskonferens i Islamabad på fredagseftermiddagen svensk tid ska den pakistanske al-Qaidaledaren Baitullah Mehsud under torsdagen i ett avlyssnat telefonsamtal ha gratulerat sina medarbetare till aktionen mot Bhutto.
Mehsud är en av de mest efterspanade männen i Pakistan och har sin bas i södra Waziristan nära den afghanska gränsen. Det är ett område där den pakistanska armén idag inte har full kontroll.
Enligt talesmannen Cheema låg Mehsud även bakom attacken mot Benazir Bhutto i oktober när två sprängladdningar dödade minst 140 människor när Bhutto var på väg från flygplatsen i Karachi.
Vid fredagens presskonferens antydde inrikesministeriets talesman också kritik mot den mördade oppositionsledaren för att hon inte följde de råd om sin säkerhet som hon fått av myndigheterna:
-Dessa råd lyder alla andra, även landets president och premiärminister, förklarade talesmannen Javed Iqbal Cheema.
-Vi kunde ha hoppats att Benazir Bhutto inte hade rest sig upp från bilens skyddande soltak, då blev hon helt exponerad.
Enligt uppgifter från inrikesministeriet, som på fredagen citerades av pakistanska och internationella medier, avled Benazir Bhutto inte av de kulor som sköts mot henne strax innan sprängladdningen detonerade, eller av splitter från själva laddningen.
-Hon dödades när hon kastades mot bilens soltak av tryckvågen efter explosionen, men några andra skador hade hon inte, sade Javed Iqbal Cheema på inrikesministeriet.