President Kurmanbek Bakijev har lämnat Bisjkek, uppgav en källa på huvudstadens största flygplats vid 20-tiden. Källan — som inte ville framträda med namn — sade att Bakijev hade flera personer i sällskap och att de lyfte i ett plan som inte skulle kunna flyga någon längre sträcka utan att tanka.
Vart planet var på väg uppgavs inte, men oppositionen meddelade senare att han landat i staden Osj.
Ungefär samtidigt utropade sig oppositionen som segrare i kraftmätningen.
- Premiärminister Danijar Usenov har skrivit under sin avskedsansökan, sade Temir Sarijev, som själv har bakgrund som parlamentariker och har varit en av folkresningens ledare.
- Oppositionen har full kontroll, sade en annan av revoltörernas ledare, Roza Otunbajeva, enligt den ryska nyhetsbyrån Ria-Novosti.
I kirgizisk radio sade Sarijev att Otunbajeva leder den regering som tagit över.
Efter flera timmar av sammandrabbningar i huvudstaden hade demonstranter lyckats tränga in i parlamentet och regeringskansliet och ta över.
Kravallpolis hade under dagen använt skarp ammunition, tårgas och chockgranater för att skingra de omkring 5 000 demonstranterna. Flera dödades på platsen, som enligt en reporter var full av blod.
Kort före rapporterna om att landets ledning tagit till flykten uppgav myndigheter att 40 människor dödats i kravallerna och att fler än 400 skadats. Dödstalet kan vara högre.
Läkaren Akylbek Jeukebajev sade till Reuters att alla de döda han sett — "dussintals — hade träffats av skott.
Regeringen hade tidigare på dagen utlyst undantagstillstånd i ett försök att återta kommandot. Men kort därefter stormade demonstranter in i det statliga tv-huset och sändningarna upphörde.
Ett tusental personer trängde in i åklagarämbetets lokaler och sågs kasta ut datorer genom fönstren. Därpå kom uppgifter om att byggnaden stod i brand.
Snart rapporterades också att plundrare gett sig in i ett hus i Bisjkek som ägs av Bakijevs familj. I plastsäckar sågs plundrarna bära ut linne, porslin och mattor ur huset.
USA:s militära flygningar från den amerikanska basen i Kirgizistan norr om huvudstaden Bisjkek har ställts in efter att myndigheterna stängde flygplatsen mitt under det regeringskritiska upproret, uppgav en militärtalesman i Washington för nyhetsbyrån AFP på onsdagen.
Gränsen mellan Kirgizistan och Kazakstan stängdes på onsdagskvällen, enligt den kirgiziska gränskontrollen.
- Kazaker kan nu inte komma in i Kirgizistan och våra invånare kan inte åka till Kazakstan, sade Dzhoodar Isakonov, talesman för gränskontrollen, i telefon till nyhetsbyrån Reuters på onsdagskvällen.
Han ville inte säga hur länge gränsen skulle hållas stängd utan förklarade bara att "det beror på den sociala och politiska situationen" i Kirgizistan.
Det har varit oroligt sedan början av mars i Kirgizistan, där invånarna plågas av fattigdom, stigande priser och utbredd korruption.
Kirgizistan är beroende av stöd från såväl USA och Ryssland som grannlandet Kina, och utvecklingen lär följas noga i utlandet. Inte minst för USA är våldsutbrottet bekymmersamt; Kirgizistan hyser en av USA:s viktigaste flygbaser för insatsen i Afghanistan.
USA:s regering sade ännu på kvällen att den hade uppfattningen att Bakijevs regering fortfarande hade makten. Den amerikanska regeringen uttryckte dock oro över läget och beklagade förlusten av liv.