FN uppgav på tisdagen att generalsekreteraren Ban Ki-Moon har gratulerat president Mahmoud Ahmadinejad, vars ifrågasatta omval utlöst våldsamma protester runt om i landet.
Enligt FN-taleskvinnan Marie Okabe skickades ett gratulationsbrev på måndagen.
Valet i Iran den 12 juni, som säkrade den hårdföre Ahmadinejads återval, vållade Irans värsta kris sedan den islamiska revolutionen 1979, blottlade en djup splittring i den styrande eliten och ledde till en våg av protester i vilka 26 människor dödades.
Ledare i väst har vägrat gratulera Ahmadinejad när han svors in i förra veckan. Gratulerade gjorde däremot Japan och Turkiet.
FN-taleskvinnan sade att Bans brev var ett sedvanligt brev som skickas vid installationer. Hon tillade att innehållet i brevet inte kommer att offentliggöras. Generalsekreteraren har för vana att gratulera ledare efter valen och FN har tidigare offentliggjort innehållet i några av breven.
Okabe tillade att brevet inte innebar ett stöd för Ahmadinejad, men att det drar fördel av installationen för att uttrycka hopp om att Iran och FN kommer att fortsätta ett nära samarbete kring regionala och globala frågor.