President Pervez Musharraf, som länge låtit extremisterna hållas, får nu hård kritik för att han försöker skaffa sig politiska poäng genom plötsligt slå till mot dem.
Enligt den pakistanske författaren och journalisten Ahmed Rashid betyder den våldsamma stormningen att nya attentat nu är att vänta i landet.
- Någon form av bakslag kommer det att bli. Jag tror på ökat extremistiskt våld, fler bilbomber och självmordsdåd mot regeringsrepresentanter, säger han.
Rashid är övertygad om att landets president Pervez Musharraf, som tog makten i en oblodig kupp 1999, försöker skaffa sig politiska poäng genom att få det att se ut som han tar i med hårdhandskar mot extremisterna. Musharraf allierade sig med väst efter attackerna mot USA den 11 september 2001, men har kritiserats såväl av västvärlden som av landets sekulära grupper för att inte fullfölja sina löften.
Presidenten har under sina år vid makten försökt gå en balansgång genom att blidka såväl USA som Pakistans inflytelserika islamister.
- Så länge det internationella trycket inte är tillräckligt hårt, så länge USA inte med kraft ifrågasätter denna tvåvägspolitik, så kommer han fortsätta att bedriva den, säger Ahmed Rashid.
Han får medhåll av Nusrat Javeed, politisk reporter på den pakistanska tidningen The News, som inte tror att Musharraf vunnit något på stormningen av moskén.
- Folk i Pakistan har genomskådat honom. Moskéns ledare är extremt impopulära, ändå har Musharraf i sex månader tillåtit islamisterna att göra som de vill i och omkring moskén. Man ska komma ihåg att han har haft total kontroll över Pakistan i åtta års tid, och det är han som fört situationen hit.
Javeed tror att Pervez Musharraf valt att iscensätta stridigheterna kring moskén för att skyla över den skarpa kritik presidenten fått efter att han i mars i år sparkade en ledande domare som öppet talat om bristen på rättssäkerhet i landet, samt för att få bort uppmärksamheten från de regimkritiska oppositionspartier som i dagarna samlats i London för en konferens där de beslutat att bojkotta de nationella val som Musharraf väntas utlysa i höst.
- Man kan fråga sig hur så många extremister kunnat samlas mitt i hjärtat av Islamabad under så lång tid, och vad Musharraf och hans stora underrättelsetjänst haft för sig medan det pågått, säger Nusrat Javeed.
Musharraf lovade att införa demokrati nära han tog makten 1999, men valet som hölls 2002 kritiserades hårt av valobservatörer och sannolikheten att höstens val ska bli demokratiska är inte särkilt stora.
- Det finns ett enda syfte med det valet, att Musharraf ska få ytterligare fem år vid makten Det är den enda anledningen till att han håller val. Hans förtroendekapital bland pakistanierna är förbrukat, säger Nusrat Javeed.