Utvisningarna är en del i det åtgärdsprogram mot kriminalitet som Frankrikes president Nicolas Sarkozy lanserat. Rivningen av 300 läger runt om i landet inleddes i veckan och sammanlagt ska 700 personer utvisas.
60 avreste från Lyon på eftermiddagen och ytterligare runt 30 skulle under dagen färdas med reguljärflyg till Rumänien, där myndigheterna lovade att hjälpa återvändarna.
– Det som hände i Paris visar behovet av en integrationsplan för Europas romer, sade Rumäniens president Traian Basescu enligt AFP.
Det råder oenighet om huruvida Frankrike bryter mot EU:s regler om den fria rörligheten. Medborgare får vistas i ett EU-land i tre månader innan de måste visa att de kan försörja sig.
Enligt Heidi Pikkarainen, utredare hos Diskrimineringsombudsmannen, syftar ofta tolkningar av regler till att utestänga den romska folkgruppen från grundläggande rättigheter runt om i Europa, såsom bostad och rätten att stanna.
– Vår erfarenhet är att romer utsätts för allvarliga kränkningar.
En nyligen gjord studie vid Uppsalas universitet visar på diskriminering på den svenska bostadsmarknaden.
– Det är fortfarande oerhört legitimt att utesluta romer, säger Pikkarainen.
Frankrike menar att romerna ifråga varit ordningsstörande, men enligt kritiker döms romerna som grupp.
– Något sjukt skär tvärs genom Europas länder – romer blir kollektivt behandlade och går därmed miste om rättssamhällets grundläggande principer, säger Maria Leissner, ordförande för regeringens delegation för romska frågor.
Även Matthew Newman, talesman för EU-kommissionären Viviane Reding, har uttryckt den åsikten.
– Deportering måste avgöras från fall till fall och kan inte gälla en hel befolkningsgrupp, sade han till nättidningen EU-Observer.
EU har lovat hålla händelseutvecklingen i Frankrike under noggrann uppsikt.
Inget hindrar de deporterade att återvända och Frankrike tänker använda sig av biometrisk identifiering för att förhindra det, skriver EU-Observer.
– Det har Frankrike absolut inga lagliga möjligheter att göra så länge de är medlemmar i EU, säger Leissner.
När Bulgarien och Rumänien gick med i EU 2007 blev en stor del av Europas romer EU-medborgare.
Stefano Kuchikov, ordförande för Riksförbundet romer i Europa, beklagar läget:
– Romer borde ha fått ökade rättigheter – nu gör man precis som man gjorde på 40-, 50- och 60-talen och skickar ut dem från respektive land.