Somalias grannländer sluter upp bakom regeringen och pressar islamistrebellerna, som på måndagen attackerade FN-kontor och förbjöd ytterligare 16 organisationer från att verka i det svältdrabbade landet.
Världshälsoorganisationen (WHO) angreps i städerna Baidoa och Wajid. Även Unicef i Baidoa drabbades.
– al-Shabaab har precis börjat plundra Unicefs och WHO:s områden i stan, de stormade och tog över deras områden. Nu kan jag se hur de bär ut organisationernas utrustning, sade ett vittne i Baidoa till Reuters.
Organisationer i ytterligare fem städer ska ha drabbats av vad som framstår som en väl samordnad attack.
Rebellrörelsen al-Shabaab har flera gånger tidigare attackerat hjälporganisationer som de anser "fostrar sekularisering, omoral och förödmjukande demokratiska värderingar i ett islamiskt land".
Norwegian Refugee Council är en av de organisationer som al-Shabaab nu förbjudit.
– Det är viktigt för oss att understryka att vi är en neutral, humanitär organisation som arbetar efter humanitära principer – vi väljer inte sida, säger informationschef Rolf Vestvik till TT på telefon från Oslo.
Även FN:s flyktingorgan UNHCR står på listan.
– Vi samtalar nu med våra samarbetspartners om hur vi ska hantera insatserna, säger Andy Needham på UNHCR till TT från Nairobi.
Rebellerna kontrollerar centrala och södra Somalia. Men de är löst sammanhållna och uttalanden i en region behöver inte nödvändigtvis gälla i en annan.
Somalia är i stora delar laglöst land och problemen spiller över till grannländerna. Sedan flera turister kidnappats tog Kenya till vapen i oktober, och kenyanska trupper strider nu på marken och från luften mot rebellerna. Kenya vill också stoppa flyktingströmmen från Somalia. I Kenya finns redan världens största flyktingläger med omkring 450.000 somalier.
I fredags meddelade även Etiopien att man ska understödja Somalias övergångsregering. Trupperna är redan inne i landet.
FN har kallat situationen i Somalia den värsta humanitära krisen i världen just nu.