64-årige Karadzic har tidigare vägrat att närvara sedan rättegången inleddes den 26 oktober, med hänvisning till att han inte anser sig inläst på det omfattande materialet.
– Jag vill inte bojkotta dessa förhandlingar men jag kan inte vara en del av något som skötts illa från starten och som berövar mig mina grundläggande rättigheter, sade ex-presidenten vid tisdagens förhandlingar.
Han förklarade att han behöver mer tid för att förbereda sig för rättegången.
Rättens ordförande, domaren O-Gon Kwon, fastslog i förra veckan att förhandlingarna måste fortgå trots Karadzics frånvaro. Samtidigt överväger FN-tribunalen att mot den misstänktes vilja tilldela honom en advokat. Radovan Karadzic har sagt att han vill sköta sitt försvar själv, men har en stab av rådgivare omkring sig.
Den sydkoreanske domaren vidhöll på tisdagen sitt beslut när den åtalade klagade.
– Det är uppenbart att ni bestrider detta. Men, som jag tidigare gjort klart för er, är det rätten, inte den åtalade, som bestämmer när rättegången kan börja, sade O-gon Kwon enligt BBC:s Haagkorrespondent.
Den före detta bosnienserbiske ledaren åtalades redan 1995 och enligt åklagarsidan har han därför haft god tid på sig att ta del av anklagelserna mot honom
Karadzic var under början av 1990-talet den bosnienserbiska arméns överbefälhavare och president i Republika Srpska, den stat som utropades av den serbiska minoriteten i Bosnien-Herecegovina.
Han misstänks för två fall av folkmord, nio krigsförbrytelser och brott mot mot mänskligheten under inbördeskriget i Bosnien 1992-1995, en konflikt som skördade över 100.000 människors liv.
I juli 1995 dödade bosnienserbiska styrkor 8.000 bosniskmuslimska män och pojkar i Srbebrenica, en händelse som åklagaren Alan Tieger tog upp i sitt öppningsanförande.
– Dessa mord och deportationen av kvinnor, barn och äldre kom inte från ingenstans. Dessa brott var kulmen på den åtalades bestämda strävan att rensa östra Bosnien och säkra fortlevnaden av den serbiska stat han föreställt sig, sade Tieger enligt internationella medier.
I rättegången mot den bosnienserbiske befälhavaren Radislav Krstic vittnade en man som vid tidpunkten för Srbrenicamassakern var 17 år. Pojken överlevde och berättade i rättssalen år 2000 om hur han var tvungen att kravla över mängder med lik för att kunna fly. Efter vittnesmålet frågade domaren om han hade något att tillägga.
– Utifrån allt vad jag sett kan jag dra slutsatsen att detta var extremt välorganiserat. Det var ett sytematiskt dödande. Och de som låg bakom förtjänar inte att vara på fri fot. Om jag hade rätten – och modet – skulle jag i alla de oskyldiga offrens namn – förlåta förövarna, för de var vilseledda. Det är allt, svarade mannen.
Krstic dömdes till 35 års fängelse.
Radovan Karadzic hålls även ansvarig för den långa belägringen av Sarajevo då 12.000 människor dukade under.
Expresidenten som var på flykt i 13 år innan gripandet förra året nekar till anklagelserna. Om han fälls riskerar han livstids fängelse.