Den hårda sammandrabbningen mellan koptiska demonstranter och militärpolis i Kairo krävde 23 dödsoffer. Enligt den egyptiska statstelevisionen skadades omkring 170 människor.
Kopter — egyptiska kristna — protesterade på söndagen mot att en kyrka bränts ned i Aswan längre söderut längs Nilen tidigare i veckan.
Demonstranterna i Kairo krävde att guvernören ska avgå eftersom myndigheterna inte hade gett kyrkan tillräckligt skydd.
Protesterna ledde till sammanstötningar med militärpolis. Av tv-bilderna framgick att militärfordon stacks i brand. Hundratals på vardera sidan slogs med påkar på en bro. Protesterna spred sig senare till Tahrir-torget, samlingsplatsen för upproret som ledde till att president Hosni Mubarak fick avgå.
Spänningarna mellan kopter och muslimer har ökat sedan upproret startade i början av året. Kopterna hävdade att de demonstrerade fredligt när de attackerades av ligister. Militärpolis ingrep och använde enligt demonstranterna övervåld. Tv-bilder visade pansarfordon som i full fart körde mot demonstranter.
Videoklipp och foton av sönderslagna ansikten och döda kroppar som enligt aktivisterna körts över av militärfordon cirkulerade på internet.
– Det som har hänt i dag saknar motstycke. Sjutton kroppar krossades av militärens lastbilar, sade människorättsaktivisten Hossam Gahgat från det sjukhus där de döda tagits om hand
Demonstranterna kastade stenar och brandbomber och satte fordon i brand i de värsta oroligheterna i den egyptiska huvudstaden sedan president Hosni Mubarak störtades i våras.
Spänningarna mellan kopter och muslimer har ökat sedan upproret startade i början av året.
Egyptens regering manade till lugn. Premiärminister Essam Sharaf sade att han hade varit i kontakt med både säkerhetstjänsten och kyrkan för att få situationen att lugna ned sig.
"De enda som drar nytta av de här händelserna och våldshandlingarna är fienderna till januarirevolutionen och fienderna till det egyptiska folket, både muslimer och kopter", skrev Sharaf på Facebook.