Frågor ställs nu om New York Times i sin iver att stötta både en egen reporter och källskyddets betydelse för pressfriheten medverkat till att central information inte kommit till allmänhetens kännedom.
Mycket står på spel. Den mycket komplicerade historien inkluderar misstankar om att Vita huset spridit vilseledande underrättelseuppgifter om massförstörelsevapen och manipulerat nyhetsmedierna i syfte att tysta kritiska röster mot Irakkriget.
Påståenden om den förre irakiske diktatorn Saddam Husseins massförstörelsevapen var den som det senare visade sig felaktiga grunden för Irakkriget.
I en mycket lång och detaljerad men ändå långt ifrån fullständig och delvis motsägelsefull artikel ger New York Times i söndagens tidning en senkommen redogörelse för härvans många turer. Judith Miller, som satt i fängelse 85 dagar för att hon vägrade röja en källa inför en åtalsjury, beskrivs nu som en mycket omstridd reporter internt. En del kollegor vägrade arbeta med henne och redaktionsledningen sägs ha haft svårt att kontrollera henne.
Tidigare har tidningens ledning helt ställt sig bakom Miller som 1992 fick Pulitzerpriset för sin medverkan i en serie om terrornätverket al-Qaida.
När New York Times redaktionschef Jill Abrahamson nu får frågan om vad hon ångrar i hanteringen av CIA-läckan svarar hon: Alltihop.
Efter att nyligen ha lämnat fängelset framträdde Judith Miller under den gångna veckan för andra gången inför en åtalsjury. Hon valde då att identifiera sin källa som Lewis Libby, stabschef till vicepresident Dick Cheney med stort inflytande över USA:s utrikespolitik. Hon talade med Libby vid tre tillfällen sommaren 2003, nära den tidpunkt då diplomaten Joseph Wilson offentligt ifrågasatte president George W Bushs motiv för Irakkriget.
Kort därefter utpekades Wilsons hustru Valerie Plame som CIA-agent av kolumnisten Robert Novak. Det utlöste misstankar om att Vita huset försökte skada Wilson genom att sabotera hans hustrus karriär och på så sätt även skrämma andra kritiker till tystnad.
Eftersom det är ett brott att medvetet röja en CIA-agents identitet tillsattes en särskild åklagare som sedan arbetat med att spåra källan. Flera journalister har tidigare vittnat om att Lewis Libby gett dem information i ärendet men utan att nämna Valerie Plane vid namn. Judith Miller har nu i efterhand överlämnat anteckningar med det felstavade namnet Valerie Flame. Hon säger dock att hon tror att det var någon annan än Libby som gav henne namnet men att hon inte kan erinra sig vem det var.
En slutsats som många därmed drar är att Miller skyddar en annan källa i Bushadministrationen. Kolumnisten Arianna Huffington säger att Millers minneslucka är lika trovärdig som om Washington Posts Bob Woodward och Carl Bernstein under Watergateskandalen inte skulle ha kommit ihåg vem som var Deep Throat.
Eftersom åtalsjuryns mandat löper ut 28 oktober spekuleras det nu i att åtal snart kan väckas mot höga Vita hus-företrädare som Lewis Libby och Karl Rove, den inflytelserike presidentrådgivaren som vittnat fyra gånger inför åtalsjuryn och också pekats ut som en källa som kan ha röjt Valerie Plames identitet.
För president Bush, som redan brottas med ett fallande väljarstöd, vore det ett mycket allvarligt bakslag, särskilt om det blir ett åtal mot Rove som beskrevs som arkitekten bakom Bushs omval. Den särskilde åklagaren Patrick Fitzgerald har efterhand breddat sin utredning och det är inte känt exakt vad han nu är ute efter.
Men även New York Times, USA:s mest inflytelserika tidning, riskerar att dras med i en växande skandal. Judith Miller stod bakom en rad av de artiklar som inför Irakkriget byggde på felaktiga underrättelseuppgifter. Tidningen, som därefter utsatts för hård kritik för rapporteringen om Iraks påstådda massförstörelsevapen, medger nu att man hamnat efter andra nyhetsmedier i turerna kring CIA-läckan.