I sitt tal kallade Netanyahu den internationella — och mycket samstämda — kritikerkåren för ”hycklare” och meddelade att blockaden mot det Hamasstyrda området kommer att fortsätta.
Att lyfta embargot mot Gaza skulle enligt premiärministern förvandla området till en bas för iranska robotar som skulle hota både Israel och Europa.
Beslutet att släppa aktivisterna togs av Israels säkerhetskabinett på tisdagskvällen. Kabinettet var dock inte enhälligt.
Försvarsminister Ehud Barak, inrikesminister Eli Yishai och utrikesminister Avigdor Lieberman stödde beslutet i ett försök att minska den politiska skadan av bordningen.
Några ministrar ansåg att Israel inte skulle tillåta de turkiska plan som skickats för att hämta skadade att ta med dem tillbaka, medan andra sade att det skulle förvärra situationen om man låter planen återvända tomma till Ankara, enligt Ynet.
Säkerhetsministern Yitzak Aharonovitch sade att Israel inte bara kan släppa dem som attackerat israeliska soldater. Han föreslog att 15 procent av de 620 gripna skulle ställas inför rätta, skriver nätsajten.
Kabinettet gick med på att kvarhålla i häkte dem som klart syns på bild skjuta, knivhugga eller misshandla israeliska soldater.
Turkiet har uppgett att fyra av de dödade är turkiska medborgare. Vilken nationalitet de övriga har är ännu okänt.
Kropparna från de nio döda finns fortfarande på Israels rättsmedicinska centrum, Abu Kabir-institutet, för identifiering.
Utan identifiering kan kropparna inte genomgå obduktion, vilket inte kan ske utan familjernas samtycke. Och obduktion krävs för att fastställa den exakta dödsorsaken — i det här fallet om de dödats israelisk eldgivning. Det skriver Israels största tidning Yedioth Ahronoth i sin nätupplaga Ynet.
Palestiniernas president Mahmud Abbas anklagade på onsdagen Israel för statsterrorism och förklarade att han tänker be USA:s president Barack Obama om att ta ”djärva beslut” om Mellanöstern.
– Mitt budskap till Obama när vi träffas nästa vecka i Washington är att vi behöver djärva beslut för att ändra regionens ansikte, sade Abbas under ett anförande på Västbanken.
Abbas skulle senare under onsdagen träffa det amerikanska sändebudet George Mitchell i den sista rundan av de indirekta fredssamtalen med Israel som arrangerats och förmedlats av USA.
Den investeringskonferens i Betlehem som han talade inför döptes av Abbas om till ”Frihetskonferensen” för att hedra dem som skjutits ihjäl av israeliska soldater under stormningen av Gazafartygen.
– Palestinierna möttes av statsterrorism när frihetsflottiljen angreps. Det palestinska folket och hela världen har konfronterats med denna terrorism, sade Abbas.