Beskedet kom från interimsregeringen i ett dekret på lördagskvällen svensk tid. Ordern gäller i de två områden där det råder undantagstillstånd, rapporterar nyhetsbyrån Reuters. Soldaterna får enligt dekretet skjuta för att döda om det gäller att skydda civila, försvara sig själva eller stoppa massattacker eller väpnade attacker.
Interimsledningen i Kirgizistan har enligt nyhetsbyrån Interfax också gett order om mobilisering: reservister kallas in till tjänstgöring i de väpnade styrkorna.
Det samlade dödstalet i landet under oroligheterna höjdes samtidigt från 75 till 77. Hundratals, enligt vissa uppgifter uppemot 900 personer, ska ha skadats.
– Det här är en intern konflikt och Ryssland ser inte för närvarande att det finns förutsättningar att delta för att lösa problemen, sade Natalja Timakova, taleskvinna för den ryske presidenten Dmitrij Medvedev, på lördagen enligt ryska nyhetsmedier.
Hon tillade att beslut om att sända fredsbevarande styrkor endast kan fattas efter det att man överlagt med FN. Däremot är Ryssland, enligt Timakov, berett att skicka humanitärt bistånd till sitt grannland.
I Kirgizistans näst största stad Osj var det fortsatt oroligt under lördagen. Hittills har minst 75 personer dödats och hundratals skadats i våldsamheterna mellan de båda folkslagen uzbeker och kirgizer. Interimsregeringen bad på lördagen Ryssland om hjälp för att stävja våldet.
– Vi behöver utländska styrkor för att lugna situationen. Vi har bett Ryssland om hjälp och jag har redan skrivit under ett brev till president Dmitrij Medvedev, sade Roza Otunbajeva, bara för att senare få ett negativt svar från Moskva.
Oroligheterna började natten till fredagen då beväpnade gäng drabbade samman i Osj. Våldet har sedan dess spridit sig till andra delar av landet och många hus och butiker som ägs av uzbeker sattes under fredagen och lördagen i brand. Under hela natten mot lördagen kunde man fortsatt höra skottlossning i Osj, rapporterar Reuters.
– Hela gator brinner. Situationen är riktigt dålig och det finns inga tecken på att det här ska ta slut, säger inrikesdepartementets talesman Rakhmatillo Akhmedov till Reuters.
Myndigheterna utlyste på fredagen undantagstillstånd i de drabbade områdena och gas och elektricitet stängdes av i bland annat Osj. Men trots ett nattligt utegångsförbud och militär närvaro i Osj lyckades man inte stävja våldsamheterna under natten.
En del uzbeker har enligt Reuters lyckats ta sig över gränsen till Uzbekistan och där har myndigheterna slagit upp läger för dem som inte har familjer de kan bo hos.
Inom Röda Korset råder djup oro för hur situationen i Kirgizistan utvecklas, rapporterar AFP.
– Det blir värre för varje timme. Vi får rapporter om att tiotusentals människor flyr våld och plundring och beger sig mot gränsen till Uzbekistan, säger Severine Chappaz, biträdande chef för Internationella rödakorskommittén (ICRC) i Kirgizistan.
– El- och gasleveranserna är brutna, och då finns det inget vatten. Butker och marknader är stängda, så det finns anledning att oroa sig för matbrist, särskilt på sjukhus och i fängelser, förklarar Chappaz, som befinner sig i staden Osj.
Under lördagen kunde personal från ICRC och kirgiziska Röda Halvmånen förse tre vårdinrättningar med förnödenheter och besöka ett bårhus i Osj.
I april dödades tiotals personer och hundratals skadades när den auktoritäre och korruptionsanklagade presidenten Kurmanbek Bakijev avsattes. Den interimsregering som styrt landet sedan dess har haft en jobbig start, med våldsamheter som enligt den tillförordnade presidenten Roza Otunbajeva underblåses av ”inre krafter”, det vill säga Bakijevs kvarvarande anhängare.
Den nuvarande interimsregeringen i Kirgizistan kom till makten i början av april när den tidigare presidenten Kurmanbek Bakijev tvingades fly efter det att trupper attackerat och dödat regeringskritiska demonstranter i huvudstaden Bisjkek.
Interimsledaren Roza Otunbajeva anklagar nu Bakijev, som liksom hon är etnisk kirgiz, för att ligga bakom de nu aktuella oroligheterna. Avsikten skulle vara att destabilisera landet inför folkomröstningen om två veckor om en ny konstitution.
Den forna sovjetrepubliken Kirgizistan är av viktig strategisk betydelse för stormakterna. Både USA och Ryssland har baser i landet.