Soldaterna hade tidigare satt in tårgas och använt batonger för att skingra 4 000 Zelayaanhängare som slagit läger runt ambassaden för att skydda den man de ser som Honduras rättmätige ledare.
Elektricitet, vatten- och telefonlinjer till det inhägnade ambassadområdet i Tegucigalpa har brutits i ett försök från regimen att sätta press på Zelaya och tvinga ut honom.
Interimsregeringen förnekar dock att den planerar att slå till mot ambassaden för att gripa Zelaya.
- Vi har inte övervägt, och vi kommer inte att genomföra en räd mot ambassaden för att tillfångata Manuel Zelaya, sade Martha Lorena Alvarando, rådgivare till regeringen och interimsledaren Roberto Micheletti.
Hon sade att den nuvarande regeringen anser att Zelaya bör ge upp eller gå i exil i Brasilien.
Det förekom rapporter om tillslag mot Zelaya-anhängare. Enligt människorättsgrupper i Honduras och USA ska hundratals ha gripits runt om i landet.
Tirza Flores, medlem i Jurister för demokrati i den näst största staden San Pedro Sula, beskrev situationen som totalt kaotisk och sade att polisen genomför massgripanden.
Uppgifter förekom också om att fyra demonstranter skjutits och skadats i oroligheterna kring ambassaden.
Instängda på den brasilianska ambassaden befinner sig omkring 300 personer, bland dem brasilianska diplomater, journalister och anhängare till Zelaya.
- Vi har ingen mat här. Det finns omkring tio små barn här som inte har något att äta, sade en Zelaya-anhängare.
USA har lovat göra allt som står i dess makt via sin ambassad i Tegucigalpa.
- Det är en mycket känslig situation och jag vill inte gå in på detaljer om vilken typ av hjälp vi diskuterar, sade utrikesdepartementets talman Ian Kelly till journalister i Washington.
Brasilien uttryckte på tisdagen önskemål att FN:s säkerhetsråd brådskande kallar till ett extrainsatt möte med anledningen av krisen i Honduras som utlösts av att den störtade presidenten Manuel Zelaya återvänt hem.
I ett brev till medlemmarna i rådet skriver Brasilien att man är bekymrad över Zelayas säkerhet och den brasilianska ambassadens fysiska integritet och säkerheten för dess personal.
Honduras nuvarande regering uppger att den är villig att samtala med den störtade presidenten Manuel Zelaya under förutsättning att han erkänner legaliteten i landets presidentval som är planerat att hållas i november.
"Jag är villig att prata med vem som helst, var som helst och när som helst, inklusive den förre presidenten Manuel Zelaya", sade Honduras ledare Roberto Micheletti i ett uttalande som lästes upp av hans medhjälpare.