Sydkoreas glädje grumlades dock av anklagelser om att regeringen köpt gisslan fri med pengar som kan användas till terrordåd.
De 19 såg dämpade ut och några hade tårar i ögonen när de mötte journalister efter ankomsten till Incheonflygplatsen. En av dem gjorde ett kort uttalande.
- Vi reste för att sprida Guds kärlek och uppfylla hans önskemål. Vi beklagar allt besvär vi orsakat det sydkoreanska folket och regeringen och vi är tacksamma över att kunna återvända till våra familjer, sade Lyu Kyung-sik.
Han stod mellan inramade fotografier av de två ur gisslan som dödades av talibanerna.
Kim Man-bok, chefen för Sydkoreas spionorganisation, fanns med på flygplatsen och försäkrade att ingen lösesumma betalats ut för att få missionärerna fria.
Flera talibantalesmän säger att en lösesumma på 140 miljoner kronor ska användas till bland annat självmordsdåd.
- Vi fick mer än 20 miljoner dollar av dem. Med dem ska vi köpa vapen, förnya vårt kommunikationsnätverk och köpa fordon för att utföra fler självmordsattentat, sade en talibankälla till Reuters på lördagen.
Den anonyme ledaren utpekas som en av de tio i talibanrörelsens högsta råd, som leds av den väl gömde mullan Mohammad Omar.
Frågor har tidigare funnits om vad de talibanska kidnapparna egentligen tjänade på överenskommelsen. Tillbakadragandet av sydkoreanska trupper och missionärer, som var den officiella förklaringen, var redan inplanerat sedan tidigare.
Sydkoreanska regeringen upprepade omedelbart sina tidigare förnekanden att någon lösesumma skulle ha betalats.
- Vi förnekar lösen för frisläppande av den sydkoreanska gisslan. De två villkoren för frisläppandet var att våra soldater ska lämna Afghanistan och att vi stoppar koreanskt missionärsarbete före årets slut, sade en tjänsteman vid presidentkansliet i Seoul.
Andra talibankällor i Afghanistan bekräftar för mediebolaget al-Jazira att 20 miljoner dollar betalats.
En av få som går ut med namn, Youssef Ahmadi, avvisar dock uppgifterna som ett försök att smutskasta den hårdfört islamistiska rörelsen.
Det var 23 sydkoreanska missionärer som kidnappades av talibaner i provinsen Ghazni i Afghanistan i mitten av juli. Två män dödades efter en tid och två sjuka kvinnor släpptes senare.
De 19 återstående fördes efter hemkomsten till ett sjukhus för medicinsk kontroll och återförening med sina anhöriga.