Räddningsmanskap har hört ljud inifrån fartyget, rapporterar AFP tidigt på söndagsmorgonen.
Mannen och kvinnan som var på smekmånad påträffades i en hytt två plan under däck på det halvsjunkna fartyget. 35 brandmän hade då sökt dem efter att ha fått kontakt och talat med dem.
De nygifta fördes chockade i land och vidare till sjukhus, visar bilder på BBC.
– Det var en riskfylld operation, sade Cosimo Nicastro, talesman för kustbevakningen.
– Fartyget ligger i vatten som är 30 meter djupt men det kan plötsligt glida iväg och sjunka helt.
Tidigare sade borgmästaren i Grosseto att 41 personer fortfarande saknas.
Tre personer, två franska passagerare och en peruansk besättningsman, har bekräftats döda. De dog troligen när de hoppade i det iskalla vattnet efter att fartyget kört upp på klippblock sent på fredagen och börjat kantra.
Räddningsmanskapet uppger att de plockat upp omkring 100 människor ur vattnet natten mellan fredag och lördag eftersom några livbåtar ombord inte fungerat eller inte kunde sänkas ned i vattnet från fartyget.
Omkring 60 personer som inte lyckades ta sig i land med livbåtarna har också räddats från fartyget, bland annat en passagerare med brutet ben.
Några besättningsmän som känner fartyget väl har hjälpt dykarna att ta sig runt till fartygets 1.500 hytter.
Det 29-åriga paret hade gått ombord på fartyget i Civitavecchia för sin första kryssning någonsin.
De berättade för räddningsmanskapet att de hade hört en massa ljud men att de inte hade lyckats göra sig hörda tidigare. De sade också att de varken sett eller hört någon annan i närheten under de 24 timmarna de tillbringat i hytt 303.
Paret kunde själva gå från sjöräddningens båt, som fört dem i land, till den väntande ambulansen som förde dem till sjukhus.
Räddningsmanskap hörde ljud inifrån fartyget vid sjutiden på söndagsmorgonen, sade Luca Carli, talesman för räddningsmanskapet.
– Men det var ingen röstkontakt, klargjorde han.
Sökandet efter överlevande pågick hela natten. Enligt det senaste beskedet från myndigheterna på plats saknas nu 39 människor.
Cali sade att ljuden hördes från tredje däck. En åklagare sade på söndagen att kaptenen lämnade fartyget före de sista passagerarna.
En utredning pågår om orsaken till att fartyget var långt ur kurs några timmar efter att ha lagt ut från hamn nära Rom.