Den amerikanska underrättelsetjänsten misstänker att al-Shaabab, som tros ha kopplingar till al-Qaida, kan ha tränat en grupp terrorister. Deras uppgift ska ha varit att slå till mot amerikanska mål.
Den eritreanska regimen har backat upp islamistiska extremister i Somalia. Syftet ska ha varit att ha extremisterna på den eritreanska sidan i konflikten med grannlandet Etiopien.
Washington har varnat Eritrea för att hamna i ett läge som påminner om Afghanistan efter 11 september 2001, då talibaner härjade fritt i landet.
- Eritrea har valt fel väg. Det finns konsekvenser för att samarbeta med al-Shabaab när president Obama inte har råd att förbise terrorism mot USA, säger en källa, enligt the Daily Telegraph.
Men president Isaias Afewerki har sagt till the Daily Telegraph att han fortsätta motsätta sig en somalisk regering som är uppbackad av USA och Storbritannien. Den somaliska regeringen deklarerat, sedan den tillträdde i februari, att al-Shabaab är dess främsta fiende.
Afewerki anser inte att Somalia har en rättmätig regering.
- Det måste till en alternativ lösning. Fred kommer inte att garanteras om inte alla somalier stödjer regeringen, säger han.
Presidenten tycker inte heller om det amerikanska agerandet mot piratverksamheten i Adenbukten. Han tror inte på att militär kan påverka piraterna.
- Sjöröveri, såväl som svält och torka är en sekundär fråga, säger han.
President Isaias Afewerki styr över Afrikas yngsta och mest isolerade stat. Man bröt sig loss från Etiopien 1993.
Den tidigare gerillakrigaren, Isaias Afewerki, har få internationella kontakter, men han var den förste som bjöd in Sudans president, Omar al-Bashir, till landet. Den ökände al-Bashir är efterlyst av den internationella brottmålsdomstolen för hans brott mot mänskligheten.
- Genom att vara det första landet som bjuder in general Bashir efter hans efterlysning av den Internationella brottmålsdomstolen, har Eritrea satt sig på fel sida, säger Andrew Mitchell, engelsk parlamentsledamot, som mött Afewerki för att protera mot hans samröre med al-Bashir.
Få experter ser någon utsikt för Eritrea att förändra dess relationer med Väst, så länge konflikten om gränslandet pågår Etiopien.
Eritrea, som också är urfattigt, har en armé på 300.000 man, det med en befolkning på fyra miljoner invånare.
Nyligen kom en rapport från Human Right Watch. Organisationen pekade på att journalister, däribland Dawit Isaak, hålls fängslade, hundratals människor har försvunnit spårlöst och tortyr är vardag för många fängslade.
Regimen gör ingen hemlighet av dess metoder och president Isaias Afewerki har sagt.
- Vi är ett litet, ungt land. Du kan inte jämföra vår situation med andra länders. Vi är en stabil och blomstrande nation i förhållande till ålder, men att bygga upp ett land på en kontinent som Afrika är inte lätt.