Omräkningen av röster innebär en ytterligare eftergift till oppositionen efter de våldsamma protesterna mot valresultatet, som innebar att den hårdföra presidenten Mahmoud Ahmadinejad sitter kvar. Tidigare hade Väktarrådet fått i uppdrag av den högsta religiösa ledaren ayatolla Khamenei att inom tio dagar komma med ett utlåtande om klagomålen mot resultatet.
Det framgick inte omedelbart hur många av rösterna som kan komma att räknas om. Enligt det officiella resultatet fick president Mahmoud Ahmadinejad nästan dubbelt så många röster som utmanaren Mir Hossein Mousavi.
En företrädare för Mousavi säger till Reuters att reformisterna vill att hela valet ska göras om, och att det inte räcker med omräkning av "några få valurnor".
I måndags kom uppgifter om flera dödsoffer. Sju civilpersoner dödades när en militärpostering attackerades i samband med demonstrationer. Minst ytterligare en person sköts till döds i måndags, vilket bevittnades av en utländsk fotograf, uppger CNN.
Samtidigt förekommer obekräftade uppgifter om ännu fler döda i oroligheterna i Teheran och andra delar av Iran.
Den brittiska tidningen The Guardian, som har en blogg om Iranhändelserna, uppger att fem studenter på Teherans universitet "kan ha" dödats i söndags. Dessutom hänvisar tidningen till en iransk blogg som talar om sju döda under en demonstration i Shiraz i södra Iran, också det i söndags. The Guardian betonar att uppgifterna är obekräftade.
Enligt uppgifter i den israeliska tidningen Haaretz dödades tolv personer nära platsen för ett massmöte. Uppgiften har inte bekräftats från annat håll.
På tisdagen arresterades två ledande iranska reformpolitiker: tidigare vicepresidenten Mohammad Ali Abtahi och partistrategen Saeed Hajjarian.
Ytterligare 26 personer som betecknas som "hjärnor" bakom demonstrationerna i Teheran har gripits, uppger Irans underrättelseminister Gholam Hossein Mohseni Ejeie på tisdagen enligt nyhetsbyrån Fars.
Reformvänliga demonstranter uppmanade till fler massprotester på tisdagen.Enligt nyhetsbyrån Fars ska de presidenttrogna samlas på Valiasr-torget klockan 13.30 svensk tid "i protest mot den senaste tidens uppvigling och förstörelse av allmän egendom".
Samtidigt ska anhängare till Ahmadinejad demonstrera på samma torg i Teheran där reformivrarna ska mötas.
Reformkandidaten Mousavi vädjar om lugn och tänker inte själv delta i demonstrationen.
"Efter att ha hört om planer på ett möte på Valiasr-torget på tisdagen meddelade han att han inte tänker delta. Han har uppmanat sina anhängare att agera fredligt och inte gå i gatukravallernas fälla", hette det på Mousavis kampanjsajt.
I måndags demonstrerade hundratusentals människor, enligt somliga observatörer över en miljon, längs en åtta kilometer lång vägsträcka ut från Teherans centrum (Se Youtube-klipp här).
Huvudstaden har i tre dagar sett de mest omfattande och våldsamma regimfientliga protesterna sedan schah Reza Pahlavi störtades i den islamiska revolutionen 1979.
Lika storskaliga protester som då för trettio år sedan innebär en direkt utmaning mot regimen i Islamiska republiken Iran.