Vatikanen anser att Israel "beredvilligt förvränger" de fördömanden av terrorism som påven gjorde vid söndagsbönen.
Israels utrikesdepartement kallade i måndags till sig Vatikanens ambassadör för att protestera mot att påven Benedictus XVI enligt israeliskt förmenande "ger legitimitet åt dem som utför terroristattacker mot judar".
Orsaken till den israeliska vreden mot påven var att den katolska kyrkans ledare i söndags fördömde de senaste dagarnas terrorattacker i Egypten, Turkiet, Irak och Storbritannien.
Genom att inte nämna palestinska attacker mot israeliska mål ställde sig påven enligt Israels regering på extremisternas sida.
"Med tanke på reaktionerna på den israeliska sidan på det faktum att den heliga fadern, i sin Angelusbön, inte nämnde Israel samtidigt som de andra länderna, måste man komma ihåg att Benedictus XVI:s uttalanden uttrycklingen refererade till attackerna de dagarna", sade Vatikanens talesman Joaquin Navarro-Valls i ett uttalande efter kritiken.
"Det är förvånande att någon beredvilligt har velat förvränga den heliga faderns intentioner", fortsatte han.
Nimrod Barkan, avdelningschef vid israeliska utrikesdepartementet, hade antytt att påven genom sitt uttalande skadade Vatikanens relationer till Israel.
Framför allt var det självmordsattacken i Netanya den 12 juli, då fem israeler dödades, som påven borde ha nämnt, sade israeliska UD.