Ryssarna rensade befolkningen från illojala element och byggde stora militäranläggningar.
Men djuren och växterna vann på ockupation och ekonomiskt förfall. Naturen utvecklades praktiskt taget ostörd i femtio års tid. Konsekvensen blev en artrikedom som knappast går att uppbringa någon annanstans i Europa. Lokatt, björn, varg, fåglar, grodor, orkidéer här finns de i massor.
I dag är esterna högst medvetna om sina unika resurser. Med bistånd från EU och även svenska Världsnaturfonden och Sida satsar de målmedvetet på naturskydd och "ekoturism".
Jag lämnar havsörnen och vadarfåglarna och vandrar tillbaka från den långa sandreveln Rumpo längst söderut på Ormsö till byn med samma namn. Alldeles vid entrén till naturreservatet ligger ett nybyggt litet "ekohotell". Det är byggt i traditionell stil med ett tjockt lager vass på taket och har hänförande utsikt över Östersjön och strandängarna.
Huset verkar tomt, och jag kliver in på gården innanför och försöker fråga en kvinna som kommer ut när jag ropar.
- Do you speak English? börjar jag.
Hon ser mycket osäker ut, så jag fortsätter optimistiskt:
- Gavaritje paruski, talar ni ryska?
- Da, javisst, det gör hon. Men efter någon minut har hon fått klart för sig att det gör inte jag. Mina få ryska ord räcker för att förklara att jag är en svensk journalist som vill fotografera hennes hus, men något vettigt samtal går inte att föra.
- Jag talar lite svenska, säger hon då.
- Va, hur kommer det sig, frågar jag förvånat.
- Min man svensk, säger då kvinnan, som visar sig heta Ann Sträng, fast esterna brukar stava efternamnet Streng.
Nästan alla de nära tre tusen svenskarna på Ormsö flydde eller deporterades under kriget 1944. Ön blev etniskt rensad, liksom alla de svenska områdena i Estland. Men något hundratal svenskar blev kvar. En av dem var fadern till Ann Strängs make Ants.
Nu driver paret Sträng, precis som många andra jordbrukarfamiljer på Ormsö, en liten hotellverksamhet. Ann har inte tid att prata med mig längre, för hon ska in och laga frukost åt sina finska turister.
I granngården har en svensk släkt på sjutton personer blivit inhysta. De är estlandssvenskar som flydde 1944. Axel Fällman var sexton år då och han berättar hur dramatiskt det gick till. Hans morbror, som redan bodde i Sverige, återvände i en liten båt och väckte sina släktingar klockan fyra på morgonen.
I skydd av mörkret lämnade de ön, och fyra timmar senare steg de i land på Hangö i Finland.
Släkten Fällman utnyttjade möjligheten som kom 1991, att få tillbaka sin en gång ägda mark. Axel Fällman är inte helförtjust i Ormsöbornas vurmande för naturen. De nya naturskyddsreglerna begränsar vad släkten får göra på sin ägandes tomt, där de hoppas att så småningom kunna bygga ett hus.
- Det är i och för sig bra att naturen skyddas. Floran är ju unik här. Men de kunde ju diskutera lite mer med markägarna, säger Axel Fällman.
Vi tar färjan från Ormsö tillbaka till hamnen Rohuküla utanför staden Hapsal och åker ut till den betydligt större ön Dagö. Den var också bebodd av svenskar, men bara fram till augusti 1781. Då deporterades svenskarna till Ukraina av Katarina II. Baron Ungern-Sternberg på Dagö ville äga hela ön själv. Han gillade inte tanken på att ha fria svenska bönder på ön.
På Dagö hyr vi ett litet hus i byn Orjaku, alldeles intill naturreservatet Käinabukten. Tomten är en dröm för fågelskådare som är lite lata och bekväma av sig. Vi behöver inte ens gå ut. Nedsjunkna på kuddar innanför de stora fönstren, smuttande på kaffe, ser vi massor av arter, varav många är ovanliga i Sverige. Under loppet av några minuter passerar bland annat gravand, skedand, häger, storskarv, brun kärrhök, tofsvipa och en liten färggrann steglits. Från en buske drillar en ihärdig näktergal och från en dunge i andra riktningen hörs göken.
Det är ett par hundra meters promenad till fågeltornet. Där träffar vi på en tysk turistgrupp som har kommit åkande i en gammal blå estnisk buss. De har en mycket ambitiös tysk fågelguide med sig och de har även ledning av den unge estniske tandläkaren och fågelspecialisten Uku Paal från Tarttu.
- Det är inte så lätt att hitta en guide här som kan engelska och som kan identifiera fåglarna och som inte är full, påstår Uku Paal, som förklaring till varför han fått uppdraget.
Tyskarna får syn på en trana och blir mycket upphetsade:
- Links! Ein Kranich! vrålar de till varandra.
Jag som har sett fjortontusen tranor på en gång vid Hornborgarsjön blir inte fullt lika exalterad. Jag blir mer intresserad när Uku Paal berättar om den tretåiga hackspetten som de såg dagen innan.
Annars uppskattar de tyska fågelcharterturisterna framför allt maten i Estland. De är positivt överraskade över att den är så god.
Det är ärligt talat jag också. På färjan från Dagö till Rohuküla äter vi en av många läckra måltider. Mustig fisksoppa till förrätt, det svarta syrliga brödet, som är det bästa med hela Estland, vackert upplagd stekt forell som huvudrätt. Det kostar ungefär en tredjedel av vad det skulle ha kostat hemma.
Vi styr bilen mot Matsalu - ett naturreservat lika stort som hela Södertälje kommun: femtio tusen hektar. I Matsalu landar fåglarna när de dör och kommer till himlen, hävdar esterna. Det känns verkligen som att åka på safari. Två gånger springer ett vildsvin tvärs över vägen framför oss, och någon minut efter det ena vildsvinet sveper en stor örn förbi några meter framför bilen.
Söder om Matsalubukten täcks stora områden av alvar - samma sorts kalkrika torrängar som finns på Öland och som Unesco har skyddat som världsarv. Där finns också slåtterrängar. Den allra finaste heter Allika löväng och har hävdats kontinuerligt i många hundra år. Där finns områdets mest artrika flora: femtiosex växtarter per kvadratmeter.
När vi kommer dit är marken mellan de skira lövträden som ett hav av liljekonvaljer, vårärt, smörbollar, violer, vårprimulor och gullvivor. Snart ska vårblommorna avlösas av orkidéerna. Bara på Dagö finns trettionio orkidéarter, och i Matsalu minst lika många.
Det finns sex olika fågeltorn på Matsaluområdet, vart och ett med sina speciella finesser. Haiska blir vår favorit, för det ligger så vackert inne i bukten och har så nära till fåglarna i strandkanten. Några mer erfarna finska ornitologer med stora tubkikare gillar Keemutornet bäst, för det är oöverträffat om man vill se stora flockar av gäss. Vi råkar vara där när flera hundra vitkindade gäss drar förbi med ett väldigt kacklande.
Efter en dag i blåsiga fågeltorn känns det härligt att ta in på Altmoisa. Huset är en märklig skapelse, placerat mitt på en gammal åker, ritat och dekorerat av en arkitektprofessor i Tarttu och hennes studenter. Det är byggt med ekonomiskt stöd från Tyskland och anpassat efter välbärgade, miljömedvetna tyskars anspråk. Det har med andra ord mycket hög standard: kaklade badrum i milda jordfärger med massor av varmvatten i duschen, linneöverkast med inspiration av gammalt estniskt hantverk, ljuskronor i matsalen, väggar som skimrar av sofistikerade lasyrer i olika lager.
Och vilka träffar vi på Altmoisa om inte våra tyska vänner från fågelcharterturen. Till skillnad från oss slevar de raskt i sig maten; deras nitiska guider ska senare under kvällen dra ut dem i skogen för att lyssna efter den gäckande och supersällsynta dubbelbeckasinen.
Vi känner oss djupt tacksamma för att vi inte är på charterresa. Trerättersmiddagen med diverse lokala råvaror och det bulgariska chardonnayvinet smakar utmärkt. I synnerhet när vi har förstått att hela övernattningen på lyxiga Altmoisa, med middag, vin och frukost kostar ungefär 325 svenska kronor per person.