Nyheten i den franska sporttidningen L'Equipe slog ner som en bomb här i Melbourne natten till lördagen svensk tid.
Fina kallade snabbt till en välbesökt presskonferens på lördagen som blev smått kaotisk.
- Vi har känt till det här sedan i maj förra året och i december lämnades en överklagan gentemot beslutet av Australiens antidopingsbyrå (Asada) till Court of Arbitration for Sport (Cas), sa rumänen Cornel Marculescu, vd på Fina.
Cas är det högsta juridiska organet i sportvärlden.
Finas representanter ville enbart diskutera handhavande av dopningsfrågor i generella termer och betonade flera gånger under presskonferensen att de inte visste namnet på den det här fallet handlade om.
- Men vi vet vilket land det handlar om, bekräftade Andrew Pipe, kanadensisk läkare som arbetar åt Fina.
Det dopningsprov Asada gjorde på Thorpe i maj ska enligt L'Equipe ha innehållit onormalt höga halter av det manliga könshormonet testosteron och ett annat hormon.
Asadas resultat ledde dock inte till några åtgärder utan fallet lades ner. Fina fick uppgifter om fallet direkt.
I november säger plötsligt och mycket överraskande blott 24-årige Ian Thorpe att han slutar med simning. Bara ett halvår innan VM på hemmaplan i Melbourne.
En månad senare beslutar Fina överklaga till Cas för att kunna gå till botten med fallet.
Australiens simförbund sa på lördagen i en kommentar att man inte alls kände till att Ian Thorpe hade testat positivt förra året.
Ian Thorpe tog under sin aktiva tid fem OS-guld, 11 VM-diton och han satte 23 världsrekord. Efter OS i Aten 2004 har han dock inte deltagit i något större mästerskap. Först tog han ett sabbastår och därefter har han drabbats av skador. Det senare stoppade honom i Samväldesspelen här i Melbourne för ett år sedan.
Han har dock tävlat i Eriksdalsbadet i Stockholm i en världscuptävling efter OS 2004.
Asada la ner fallet i brist på bevis. Fina anser att då resultatet av provet kan vara ogynnsamt, som man kallar det, vill man klargöra alla omständigheter kring fallet.
Fina-representanterna fick frågan om överklagan till Cas är ett tecken på att de ifrågasätter Asada.
- Nej, vi har ett utmärkt samarbete med Asada. Det är resultatet av det här testet vi ifrågasätter, svarade Sam Ramsamy, ordförande i Sydafrikas olympiska kommitté och medlem av Finas styrelse.
Varför har det tagit sådan tid från provet i maj till er överklagan och när kommer Cas med ett besked?
- Det här är komplexa frågor. Angående tiden så kan jag bara säga att det här är den vanliga gången, svarade Andrew Pipe.
- När Cas kommer med något besked får ni fråga dem om, la Sam Ramsamy till.
Olika medier har sökt representanter för Cas, som sitter i Lausanne i Schweiz, utan att få någon kommentar.
Enligt Cornel Marculescu är det vanligt med överklagande från Fina i sådana här fall. När han fick frågan hur ofta svarade han:
- Det var väl fyra-fem fall förra året.
Under detta VM kommer 360 dopningsprov att tas. Hittills har inget varit positivt.
- Vi gör bara urinprov eftersom det är det enda där bevisbördan håller, menade Andrew Pipe.
Ian Thorpe har testats tre gånger av Fina efter Asadas prov i maj 2006, den 29 juli, 28 augusti och 10 november.
Pieter van den Hoogenbands tränare, holländaren var en av Thorpes svåraste konkurrenter, ger sitt stöd till Thorpe.
- Det här är att förstöra någons karriär utan anledning och det är det värsta med det här. Det är chockerande att höra. Media borde vara mycket försiktiga med sådan här information, tyckte Jacoo Verhaeren.
- Det är löjligt. Varför kommer de här uppgifterna mitt i ett VM när vi firar simmarframgångar över hela världen. Jag kan bara säga att Thorpe har varit en stor ambassadör för sport över hela världen och jag skulle bli väldigt överraskad om det skulle vara sant, sa Pierre Lafontaine, huvudcoach för Kanadas trupp här i VM.