Lagen har använt löpare som sprungit i två olika nationella stafettmästerskap under samma säsong.
"Detta är en regel som tydligen inte alla föreningar haft koll på", säger ordföranden i orienteringsförbundet, Lena Larsson, i ett meddelande till TT.
I Rehn var det litauern Jonas Vytautas Gvyldis som hade dubblerat. Södertälje-Nykvarn får guldet, OK Linné silvret och IFK Lidingö bronset. Även Skogshjortarna, som slutade 54:a, diskas i herrklassen.
I H20-klassen blir Södertälje-Nykvarn av med silvret och i damklassen diskas OK Linné, som slutade 14:e.
Lena Larsson säger att förbundet jobbar för att "öka kännedomen om regelverket för att förebygga motsvarande situationer i framtiden".