Börje Gustafsson föddes i Värnamo, tog studenten i Växjö och veterinärexamen vid Kungliga Veterinärhögskolan i Stockholm. Han blev tidigt engagerad som forskare och lärare vid institutionen för obstetrik och gynekologi (OG). Hans avhandling och metoder för studium av bitestikelns funktioner blev internationellt uppmärksammad. Han utnämndes till docent, klinikchef och upprätthöll under några år professuren vid OG innan han 1974 blev gästprofessor vid University of Minnesota. 

Börje återvände dit 1976 som professor i veterinärmedicinsk reproduktionslära tills han 1978 blev chef för de kliniska institutionerna vid College of Veterinary Medicine, University of Illinois. Där moderniserade han undervisningen och gav forskningen väsentligt större betydelse. Börje verkade också som gästprofessor i Egypten 1982 och i Schweiz 1985–86 innan han 1987 flyttade till Washington State University, först som professor och sedan under tio år som dekanus för College of Veterinary Medicine. Han ledde en fundamental reformering av skolan, uppförandet av ett undervisningsdjursjukhus och en anläggning för bioteknologisk sjukdomsforskning. 

Efter pensioneringen flyttade Börje tillbaka till Illinois och utvecklade där internationella forskningssamarbeten. Han återknöt då kontakten med den svenska veterinärmedicinen och startade tillsammans med professor Val Beasley ett unikt nätverk av miljöforskare från alla länder runt Östersjön och de stora sjöarna i USA, senare även Viktoriasjön i Afrika. I ett undervisningsprogram om Östersjöns ekosystem fokuserades veterinärmedicinska frågeställningar kopplade till ekologi och miljö.

Börje var en visionär och såg tidigt nya områden där veterinärmedicinen kunde bidra. Han framstår som en av vår generations främsta företrädare för den moderna veterinärmedicinen. Var han än verkade blev han genom sin vänlighet, entusiasm, generositet och humor en mycket uppskattad person. 

Fram till sin bortgång höll han aktiv kontakt med svenska kollegor och forskare och varje sommar tillbringade han några veckor i Skillinge på Österlen med sin älskade hustru Gunilla.