Jan Öberg var en utomordentlig ämnesföreträdare med säker blick för kollegornas och studenternas styrkor. Han tog allvarligt på sin uppgift utan att framhäva sig själv; han var inte rädd för att delegera arbetsuppgifter. Som företrädare för latinet var han både konservativ och djärvt innovativ: genom hans initiativ förvandlades universitetslatinet till nybörjarämne utan förkunskapskrav.

Jan tillämpade kompromisslöst den klassiska filologins principer. Deltagarna i latinseminariet vid Institutionen för klassiska språk lärde sig av Jan att solida kunskaper i det textkritiska hantverket och utgivningsmetoder krävs för tolkningen av latinska texter. Detta blev förutsättningen för de många utgivningsmetoder för medeltida texter som utvecklats på institutionen. Många latintexter finns i goda editioner tack vare hans akribi som editor för serien Studia Latina Stockholmiensia.

Han var inte svag för filosofi men hänvisade ofta till Occams rakkniv om något resonemang framstod som luddigt eller mångordigt. Moderna litteraturvetenskapliga teorier lockade honom inte men han höll ett öppet sinne för stringenta resonemang även på litteraturens område. Han hade ett stort intresse för den svenska medeltidens historia och konsthistoria, uttryckt i forskningen tillsammans med hustrun, Christina Sandquist Öberg, kring kyrkomålaren Albertus Pictor.

Jans insatser för den medeltida urkundsutgivningen är stora. Som nybliven fil dr anställdes han vid Svenskt Diplomatarium, där våra bevarade medeltidsurkunder utges. Han var dess huvudredaktör från 1974. 

Jan Öbergs humor var av det underfundiga slaget och han log gärna åt mänskliga svagheter hos andra och sig själv. Ständigt den sanne gentlemannen lät han dock denna egenskap framträda allt tydligare efter pensioneringen, då hans ansvar som ämbetsman inte längre tryckte honom.

Jan Öbergs konstnärliga ådra tog sig främst uttryck i hans musikalitet. Han tolkade förnämligt barockmusik på cembalo och orgel. Klassiska föreningen vid SU och gäster i hans och Christinas hem fick mer än en gång njuta av hans virtuositet och hans djupa kunskaper om musikens historia.