Föremålet påträffades strax efter 06-tiden på torsdagsmorgonen.
– Det var en person som noterade föremålet och ringde oss. Det är en låda av något slag, jag vet inte exakt hur stor den är, säger Ewa Nilsson vid Stockholmspolisen.
Nationella bombskyddet var vid 08-tiden på plats för att undersöka lådan. Knappt en timme senare kunde man konstatera att föremålet är ofarligt. Lådan kommer nu undersökas av kriminaltekniker.
Polisen vill inte gå in närmare på var i Gamla stan föremålet hittats, men säger att ett stort område spärrats av.
– Det ligger många byggnader i närheten av föremålet. Jag kommenterar inte vilka, men det är ganska synligt var vi är, säger Ewa Nilsson.
– Det påverkar framför allt morgontrafiken på Munkbron och Vasabron i nuläget.
Efter händelsen utrymdes alla riksdagens byggnader i Gamla stan.
– Jag har inga uppgifter om hur många personer som berörs. Men det gäller alla våra byggnader i Gamla stan, inte riksdagshuset, säger Carina Larsson, pressekreterare på Riksdagsförvaltningen.
Polisen har inlett en förundersökning om förberedelse till allmänfarlig ödeläggelse och olaga hot.